R 2009

FastGrid -- The Accelerated Computation of Potential Maps for Molecular Docking

OLŠÁK, Marek; Jiří FILIPOVIČ a Martin PROKOP

Základní údaje

Originální název

FastGrid -- The Accelerated Computation of Potential Maps for Molecular Docking

Název česky

FastGrid -- akcelerovaný výpočet potenciálových map pro molekulový docking

Autoři

OLŠÁK, Marek (203 Česká republika, domácí); Jiří FILIPOVIČ (203 Česká republika, garant, domácí) a Martin PROKOP (203 Česká republika, domácí)

Vydání

2009

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Software

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00037314

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova česky

molekulový docking; autogrid; autodock; akcelerace; GPU; vysoce náročné výpočty

Klíčová slova anglicky

molecular docking; autogrid; autodock; acceleration; GPU; high performance computing

Technické parametry

Program pro předvýpočet potenciálových map kompatibilních s balíkem AutoDock. Platforma: PC, linux

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 15. 12. 2011 11:12, doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

FastGrid is a fork of AutoGrid, which computes grid maps of interaction energies for various atom types around a macromolecule. These grid maps are then used by AutoDock docking calculations to determine the total interaction energy for a ligand with a macromolecule. FastGrid is meant to be a replacement of AutoGrid, having the same behavior as AutoGrid 4.2.1, and being more than 100x faster depending on a molecule and grid map size.

Česky

FastGrid je fork AutoGridu, který slouží k výpočtu map interakčních energií v okolí makromolekuly pro různé typy atomů. Tyto mapy jsou následně použity programem AutoDock pro výpočet celkové energie komplexu ligand-makromolekula. FastGrid je náhrada AutoGridu, která vykazuje obdobné chování jako AutoGrid 4.2.1 a je více než 100x rychlejší v závislosti na velikosti molekuly a map.

Návaznosti

MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy