2009
FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking
OLŠÁK, Marek; Jiří FILIPOVIČ a Martin PROKOPZákladní údaje
Originální název
FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking
Název česky
FastGrid -- FastGrid -- akcelerovaný výpočet potenciálových map pro molekulový docking
Autoři
OLŠÁK, Marek; Jiří FILIPOVIČ a Martin PROKOP
Vydání
Brno, Czech Republic, MEMICS 2009: Fifth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, od s. 160-167, 8 s. 2009
Nakladatel
Masaryk University and Technical University of Brno
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/09:00037320
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISBN
978-80-87342-04-6
Klíčová slova česky
molekulový docking; autogrid; autodock; akcelerace; GPU; vysoce náročné výpočty
Klíčová slova anglicky
molecular docking; autogrid; autodock; acceleration; GPU; high performance computing
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 27. 11. 2009 11:21, doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.
V originále
The AutoDock suite is widely used molecular docking software consisting of two main programs -- AutoGrid for precomputation of potential grid maps and AutoDock for docking into potential grid maps. In this paper, the acceleration of potential maps generation based on AutoGrid and its implementation called FastGrid is presented. The most computationally expensive algorithms are accelerated using GPU, the rest of algorithms run on CPU with asymptotically lower time complexity that has been obtained using more sophisticated data structures than in the original AutoGrid code. Moreover, the CPU implementation is parallelized to fully exploit computational power of machines that are equipped with more CPU cores than GPUs. Our implementation outperforms the original AutoGrid more than $400\times$ for large, but quite common molecules and sufficiently large grids.
Česky
Balík AutoDock, široce používaný software pro molekulový docking, je složen ze dvou programů -- AutoGridu pro předvýpočet potenciálových map a AutoDocku pro dokování do těchto map. V tomto článku je prezentována akcelerace generování potenciálových map založená na AutoGridu a její implementace nazvaná FastGrid. Nejvýce časově náročné algoritmy jsou akcelerovány s použitím GPU, zbytek algoritmů běží na CPU v nižší časové složitosti, které bylo dosaženo použitím více sofistikovaných datových struktur, než v originálním AutoGridu. CPU implementace je také paralelizována, aby plně využila výpočetní sílu strojů majících více CPU jader než GPU procesorů. Výkon načí implementace překoná originální AutoGrid více než 400x pro velké, avšak poměrně obvyklé molekuly a dostatečně velké mřížky potenciálových map.
Návaznosti
| MSM0021622413, záměr |
| ||
| MSM0021622419, záměr |
|