Spectroscopic study of protonation of oligonucleotides containing adenine and cytosine

VOJTYLOVÁ, Terézia, Dana DOSPIVOVÁ, Olga TŘÍSKOVÁ, Iveta PILAŘOVÁ, Přemysl LUBAL, Marta FARKOVÁ, Libuše TRNKOVÁ a Petr TÁBORSKÝ. Spectroscopic study of protonation of oligonucleotides containing adenine and cytosine. Chem. Papers. 2009, roč. 63, č. 6, s. 731-737. ISSN 0366-6352.

Základní údaje

• Originální název: Spectroscopic study of protonation of oligonucleotides containing adenine and cytosine
• Název česky: Spectroskopické studium protonace oligonukleotidů obsahujících adenin a cytosin
• Autoři: VOJTYLOVÁ, Terézia (703 Slovensko), Dana DOSPIVOVÁ (203 Česká republika), Olga TŘÍSKOVÁ (203 Česká republika), Iveta PILAŘOVÁ (203 Česká republika), Přemysl LUBAL (203 Česká republika, garant), Marta FARKOVÁ (203 Česká republika), Libuše TRNKOVÁ (203 Česká republika) a Petr TÁBORSKÝ (203 Česká republika).
• Vydání: Chem. Papers, 2009, 0366-6352.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10406 Analytical chemistry
• Stát vydavatele: Slovensko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 0.791
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/09:00037430
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000270647700016
• Klíčová slova česky: oligonukleotidy; adenin; cytosin; protonace; termodynamika; chemometrie
• Klíčová slova anglicky: oligonucleotides; adenine; cytosine; protonation; thermodynamics; chemometrics
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Acidobasic properties of purine and pyrimidine bases (adenine, cytosine) and relevant nucleosides (adenosine, cytidine) were studied by means of glass-electrode potentiometry and the respective dissociation constants were determined under given experimental conditions (I = 0.1 M (NaCl), t = (25.0 +/- 0.1) degrees of Celsius): adenine (pK_HL = 9.65 +/- 0.04, pK_H2L = 4.18 +/- 0.04), adenosine (pK_H2L = 3.59 +/- 0.05), cytosine (pK_H2L = 4.56 +/- 0.01), cytidine (pK_H2L = 4.16 +/- 0.02). In addition, thermodynamic parameters for bases were calculated. Acidobasic behavior of oligonucleotides ((CAC)3, A3C6, C3A3C3) was studied under the same experimental conditions by molecular absorption spectroscopy. pH-dependent spectral datasets were analyzed by means of advanced chemometric techniques (EFA, MCR-ALS) and the presence of hemiprotonated species concerning (C-C+) a non-canonical pair (i-motif) in titled oligonucleotides was proposed in order to explain experimental data obtained according to literature.

Anotace česky

Acidobazické vlastnosti purinových a pyrimidinových bazí (adenin, cytosin) a příbuzných nukleosidů (adenosin, cytidin) byly studovány potenciometricky a následující disociační konstanty byly nalezeny (I = 0.1 M (NaCl), t = (25.0 +/- 0.1) st. C): adenin (pK_HL = 9.65 +/- 0.04, pK_H2L = 4.18 +/- 0.04), adenosin (pK_H2L = 3.59 +/- 0.05), cytosin (pK_H2L = 4.56 +/- 0.01), cytidin (pK_H2L = 4.16 +/- 0.02). Navíc také termodynamické parametry pro báze byly vypočteny. Acidobazické chování oligonukleotidů ((CAC)3, A3C6, C3A3C3) bylo studováno za stejných experimentálních podmínek pomocí molekulové absorpční spektroskopie. Spektrální data jako funkce pH byly analyzovány pomocí pokročilých chemometrických technik (EFA, MCR-ALS) a přítomnost částice obsahující (C-C+) nekanonický pár (i-motiv) v uvedených oligonukleotidech byl navržen, aby bylo možné vysvětlit experimentální data ve shodě s údaji uvedenými v literatuře.

Návaznosti

• LC06035, projekt VaV: Název: Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu.

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu