Revisiting the planarity of nucleic acid bases:
Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is
modulated by orientation of glycosidic torsion

J 2009

Revisiting the planarity of nucleic acid bases: Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is modulated by orientation of glycosidic torsion

SYCHROVSKÝ, Vladimír; Silvie FOLDÝNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ; Naděžda ŠPAČKOVÁ; Koen ROBEYNS; Luc VAN MEERVELT et al.

Základní údaje

Originální název

Revisiting the planarity of nucleic acid bases: Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is modulated by orientation of glycosidic torsion

Název česky

Studium planarity bazí nukleových kyselin: Pyramidalizace na glykosidickém dusíku v purinových bázích je modulována orientací glykosidické torze

Autoři

SYCHROVSKÝ, Vladimír; Silvie FOLDÝNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ; Naděžda ŠPAČKOVÁ; Koen ROBEYNS; Luc VAN MEERVELT; Wulf BLANKENFELDT; Zuzana VOKÁČOVÁ; Jiří ŠPONER a Lukáš TRANTÍREK

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2009, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10610 Biophysics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 7.479

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00038057

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000272688400035

Klíčová slova anglicky

bases of nucleic acids; molecular dynamics; NMR; quantum chemistry

Změněno: 7. 1. 2010 14:34, prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

Anotace

ORIG CZ

V originále

We describe a novel, fundamental property of pyramidilization at the N1/9 sites of purine and pyrimidine bases. The study combines analyses of ultra-highresolution X-ray structures together with quantum chemical calculations, molecular dynamics simulations, and published solution nuclear magnetic resonance data.

Česky

Popisujeme nové fundamentální vlastnosti pyramidalizace na N1/9 místech purinových a pyrimidinových bází. Studie kombinuje analýzu krystalových struktur s ultra-vysokým rozlišením s kvantově chemickými výpočty, molekulově dynamickými simulacemi a publikovanými daty z nukleární magnetické rezonance.

Návaznosti

LC06030, projekt VaV

Název: Biomolekulární centrum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum

Citovat

SYCHROVSKÝ, Vladimír; Silvie FOLDÝNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ; Naděžda ŠPAČKOVÁ; Koen ROBEYNS; Luc VAN MEERVELT; Wulf BLANKENFELDT; Zuzana VOKÁČOVÁ; Jiří ŠPONER a Lukáš TRANTÍREK. Revisiting the planarity of nucleic acid bases: Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is modulated by orientation of glycosidic torsion. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2009, roč. 37, č. 21, s. 7321-7331. ISSN 0305-1048.

@article{863882,
   author = {Sychrovský, Vladimír and FoldýnováandTrantírková, Silvie and Špačková, Naděžda and Robeyns, Koen and Van Meervelt, Luc and Blankenfeldt, Wulf and Vokáčová, Zuzana and Šponer, Jiří and Trantírek, Lukáš},
   article_number = {21},
   keywords = {bases of nucleic acids; molecular dynamics; NMR; quantum chemistry},
   language = {eng},
   issn = {0305-1048},
   journal = {Nucleic Acids Research},
   title = {Revisiting the planarity of nucleic acid bases: Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is modulated by orientation of glycosidic torsion},
   volume = {37},
   year = {2009}
}

TY  - JOUR
ID  - 863882
AU  - Sychrovský, Vladimír - Foldýnová-Trantírková, Silvie - Špačková, Naděžda - Robeyns, Koen - Van Meervelt, Luc - Blankenfeldt, Wulf - Vokáčová, Zuzana - Šponer, Jiří - Trantírek, Lukáš
PY  - 2009
TI  - Revisiting the planarity of nucleic acid bases: Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is modulated by orientation of glycosidic torsion
JF  - Nucleic Acids Research
VL  - 37
IS  - 21
SP  - 7321-7331
EP  - 7321-7331
PB  - Oxford University Press
SN  - 03051048
KW  - bases of nucleic acids
KW  - molecular dynamics
KW  - NMR
KW  - quantum chemistry
N2  - We describe a novel, fundamental property of pyramidilization at the N1/9 sites of purine and pyrimidine bases. The study combines analyses of ultra-highresolution X-ray structures together with quantum chemical calculations, molecular dynamics simulations, and published solution nuclear magnetic resonance data.
ER  -

SYCHROVSKÝ, Vladimír; Silvie FOLDÝNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ; Naděžda ŠPAČKOVÁ; Koen ROBEYNS; Luc VAN MEERVELT; Wulf BLANKENFELDT; Zuzana VOKÁČOVÁ; Jiří ŠPONER a Lukáš TRANTÍREK. Revisiting the planarity of nucleic acid bases: Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is modulated by orientation of glycosidic torsion. \textit{Nucleic Acids Research}. Oxford University Press, 2009, roč.~37, č.~21, s.~7321-7331. ISSN~0305-1048.

Přehled o publikaci