2009
MicroRNA isolation and stability in stored RNA samples
MRÁZ, Marek; Karla MALINOVÁ; Jiří MAYER a Šárka POSPÍŠILOVÁZákladní údaje
Originální název
MicroRNA isolation and stability in stored RNA samples
Autoři
Vydání
Biochem Biophys Res Commun, 2009, 0006-291X
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
30200 3.2 Clinical medicine
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 2.548
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14110/09:00039026
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
UT WoS
Klíčová slova česky
miRNA isolation; MiRNA stability; miRNA cDNA stability
Klíčová slova anglicky
miRNA isolation; MiRNA stability; miRNA cDNA stability
Změněno: 13. 1. 2011 12:38, prof. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.
V originále
MicroRNAs (miRNAs) are small RNA molecules, which act as post-transcriptional regulators of a gene expression, with important functions within the cell physiology. Whilst many authors have focused on the study of miRNA expression in physiological and pathological processes, various technical variables related to miRNA isolation have simultaneously emerged and the stability of the stored miRNA samples has been questioned. A robust method for RNA isolation is essential for reproducible results and miRNAs instability in the stored samples would make for an alarming situation for most expression studies. Here these issues are discussed and we investigate the stability of miRNAs isolated from clinical samples of B lymphocytes (chronic lymphocytic leukemia) by the most commonly utilized method based on a Trizol/TRI-Reagent solution (RNAs stored at 80 C). To assess the stability of miRNAs, a Real Time-PCR analysis was performed for a panel of 29 miRNAs from a freshly isolated RNA sample and after 14 days storage at 80 C. Furthermore, a Real Time-PCR analysis was repeatedly performed for a stored RNA sample over a period of 10 months. We observed high stability of isolated miRNAs and respective cDNAs. The reproducibility and efficiency of the Trizol/TRI-Reagent isolation method was also tested and compared to the mirVana Isolation kit (Ambion) and RNeasy kit (Qiagen). In conclusion, Trizol/TRI-Reagent based isolation is a robust reproducible method, and obtained miRNA samples do not show any tendency to degradation when properly stored and handled.
Česky
MicroRNA (miRNA) jsou krátké molekuly RNA, které plní funkci post-transkripčních regulátorů genové exprese a ovlivňují tak významným způsobem buněčnou fyziologii. Mnoho autorů se zaměřilo na analýzu exprese miRNA ve fyziologických i patologických procesech, ale zároveň se objevilo množství technických problémů a stabilita miRNA ve vzorcích byla diskutována. Použití robustní metody pro izolaci RNA má zásadní vliv na reprodukovatelnost výsledků a nestabilita miRNA v dlouhodobě skladovaných vzorcích by velmi komplikovala expresní studie. Studovali jsme stabilitu miRNA (RNA na 80C) izolovaných z B lymfocytů (klinické vzorky chronické lymfocytární leukémie) běžně užívanou metodou založenou na extrakci Trizolem/TRI Reagentem. Za účelem stanovení stability miRNA jsme pomocí Real Time PCR provedli analýzu exprese 29 miRNA z čerstvě izolovaných vzorků a vzorků po 14 denním skladování při 80 C. Analýzu exprese miRNA jsme opakovaně prováděli po dobu 10 měsícu. Pozorovali jsme vysokou stabilitu miRNA, stejně jako cDNA. Reprodukovatelnost a účinnost izolace založené na Trizolu/TRI Reagentu byly srovnány s dalšími postupy mirVana Isolation kitem (Ambion) a RNeasy kitem (Qiagen). Naše výsledky ukazují, že izolace založená na Trizolu/TRI Reagentu je robustní reprodukovatelná metoda a vzorky izolované tímto postupem nevykazují při vhodném skladování a manipulaci tendenci k degradaci.
Návaznosti
| MSM0021622430, záměr |
|