a 2009

Whole genome amplification and analysis: genome differences in the genus Treponema.

MIKALOVÁ, Lenka; Michal STROUHAL; Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ; David ŠMAJS; George M. WEINSTOCK et al.

Základní údaje

Originální název

Whole genome amplification and analysis: genome differences in the genus Treponema.

Autoři

Vydání

3rd FEMS Congress of European Microbiologists. Abstract CD, 1749. 2009

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Švédsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova česky

Trepomema pallidum; WGF; tpr geny

Klíčová slova anglicky

Trepomema pallidum; whole genome fingerprinting; tpr genes
Změněno: 25. 2. 2010 14:25, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.

Anotace

V originále

Genome comparison of 6 treponemal strains including Mexico A, DAL-1 (T. pallidum subsp. pallidum), Gauthier, CDC-2 (T. pallidum subsp. pertenue), Bosnia A (T. pallidum subsp. endemicum) and Fribourg-Blanc (unclassified simian isolate) with the sequenced genome of the syphilis spirochete TPA strain Nichols. The whole genome fingerprinting technique was used for identification of heterologous regions in the chromosomal DNA of analyzed strains. All analyzed strains contained two regions of repetitive sequences (TP0433-434, TP0470) with strain specific repeat numbers. In the yaws and simian strain genomes, three specific indels were observed. Strain specific changes comprised e. g. insertion of 58 bp (TP0136) in DAL-1, deletion of 48 bp (TP0548) and insertion of 0.5 kb (TP0695-697) in Fribourg-Blanc. Genomes of T. p. pallidum, T. p. pertenue, T. p. endemicum and unclassified simian isolate are closely related and most of the observed sequence differences are localized in tpr genes and in their vinicity.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů