a 2010

Employment of free energy calculations to estimation of carbohydrates affinities towards PA-IIL superfamily lectins

ALÁN, Jan; Petr KULHÁNEK a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

Employment of free energy calculations to estimation of carbohydrates affinities towards PA-IIL superfamily lectins

Autoři

ALÁN, Jan; Petr KULHÁNEK a Jaroslav KOČA

Vydání

Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology, 2010

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/10:00043537

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISSN

Klíčová slova anglicky

lectin; carbohydrate; thermodynamic integration; PA-IIL; CV-IIL; molecular modelling
Změněno: 23. 3. 2010 17:15, RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.

Anotace

V originále

Binding free energy is the important thermodynamic property used for description of affinity of ligand to receptor. It is used in drug design for fast qualitative ranking of drug-like compounds. Experimental laboratory procedure leading to acquirement of binding free energy is multi step approach, which is long and possibly without results. Problems with purification and obtaining of efficient concentration of sample for measurement of thermodynamic parameters are most common. Thus free energy calculations are convenient supply laboratory measurements. When 3D structure of ligand receptor complex is available, then binding free energies can be calculated. Moreover affinities of structurally similar ligands can be then easily calculated. Most demanding objective in this field is preparation of universal procedure for calculations of carbohydrate affinities to lectins.

Návaznosti

GD301/09/H004, projekt VaV
Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny
Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny
LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím