a 2009

Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1

ČERNÁ, Hana, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL

Základní údaje

Originální název

Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1

Název česky

Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1

Autoři

ČERNÁ, Hana (203 Česká republika), Karel KUBÍČEK (203 Česká republika) a Richard ŠTEFL (203 Česká republika, garant)

Vydání

Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1, 2009

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00028837

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISSN

Klíčová slova anglicky

NMR; CTD; RNA; transcription termination
Změněno: 25. 3. 2010 18:14, prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.

Anotace

V originále

The transcription by RNA polymerase II (Pol II) in Saccharomyces cerevisiae can be terminated via at least two pathways - the mRNA pathway and ncRNA pathway. Both of them require interaction of CTD domain of RNA poly II with CID domain of a specialized protein. The CTD domain of RNA polymerase II contains tandem repeats of a heptad sequence that are dynamically phosphorylated or dephosphorylated on Ser5 and Ser2 over the course of transcription. The Nrd1 protein acts in ncRNA pathway - where Nrd1 (in complex with Nab3 and Sen1) is via its CID domain bound to CTD domain of RNA poly II. Depending on the extent of exosome degradation, this termination pathway can lead to either 3' end trimming or complete degradation. Unlike other factors of transcription termination, Nrd1 binds preferentially to CTD phosphorylated at Ser5, which has the highest levels of fosforylation in early elongation. We will present our NMR study of the Nrd1 CTD domain and its interaction with the Ser5-phosphorylated CTD of RNA Pol II.

Návaznosti

GA204/08/1212, projekt VaV
Název: Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA
Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA
IAA401630903, projekt VaV
Název: Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů
Investor: Akademie věd ČR, Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů
LA08008, projekt VaV
Název: Strukturní studium interakcí mezi bíkovinami a poškozenou RNA.
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturní studium interakcí mezi bílkovinami a poškozenou RNA
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím