Structure and RNA binding of Nab3

HÓBOR, Fruzsina; Karel KUBÍČEK; Josef PASULKA a Richard ŠTEFL. Structure and RNA binding of Nab3. In Structure and RNA binding of Nab3. 2009. ISSN 1211-5894.

Základní údaje

Originální název

Structure and RNA binding of Nab3

Autoři

HÓBOR, Fruzsina; Karel KUBÍČEK ORCID; Josef PASULKA a Richard ŠTEFL

Vydání

Structure and RNA binding of Nab3, 2009

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00028838

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISSN

Klíčová slova anglicky

NMR; Nab3; RNA binding ; transcription termination; structure

---

Anotace

V originále

Besides mRNA, RNA polymerase II also transcribes a subset of small nuclear and small nucleoar RNAs, and a class of intergenic and anti-sense RNAs. Termination of these transcripts requires the nuclear pre-mRNA down- regulation (Nrd)1 and the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 proteins, and the RNA helicase Sen1. In this so-called nonpoly(A) termination pathway, the RNA-binding proteins, Nrd1 and Nab3, recognize Nrd1- and Nab3-binding sites which is an initial step in the termination and subsequent processing or degradation of these transcripts. Recent studies identified sequence motives for Nrd1 and Nab3, as the signals that direct termination and exosome-TRAMP trimming/degradation of nonpolyadenylated transcripts. It was shown that the RNA-recognition motif (RRM) of Nrd1 and Nab3 bind to the GUA[A/G] and UCUU sequences, respectively. In addition, it was demonstrated that Nrd1 and Nab3 form a stable heterodimer and bind to snoRNA terminators that contain multiple Nrd1- and Nab3- binding sequences. To fully understand the structural basis behind the RNA recognition by the Nrd1-Nab3 complex, we use multidimensional NMR spectroscopy to determine the three- dimensional structures of the individual RRMs of Nrd1 and Nab3 and the minimal Nrd1- Nab3 heterodimer alone as well as in complex with their RNA substrates.

---

Návaznosti

GA204/08/1212, projekt VaV	Název: Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA
IAA401630903, projekt VaV	Název: Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů Investor: Akademie věd ČR, Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů
LA08008, projekt VaV	Název: Strukturní studium interakcí mezi bíkovinami a poškozenou RNA. Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturní studium interakcí mezi bílkovinami a poškozenou RNA
MSM0021622413, záměr	Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím