a 2010

Computational study of lectin-carbohydrate interactions

ALÁN, Jan; Petr KULHÁNEK a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

Computational study of lectin-carbohydrate interactions

Autoři

ALÁN, Jan; Petr KULHÁNEK a Jaroslav KOČA

Vydání

XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2010

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/10:00043777

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-80-210-5164-5

Klíčová slova anglicky

lectin; carbohydrate; thermodynamic integration; PA-IIL; CV-IIL; molecular modelling
Změněno: 22. 4. 2010 09:57, Mgr. Jan Alán

Anotace

V originále

Binding free energy is the important thermodynamic property used for description of affinity of ligand to receptor. Most demanding objective in this field is preparation of universal procedure for calculations of carbohydrate affinities to lectins. Lectins are proteins of non-immune origin specifically binding carbohydrates. They play crucial role in cell/pathogen adhesion. Lectin PA-IIL mediates adhesion of bacteria Pseudomonas aeruginosa to tissues of respiratory tract of cystic fibrosis patients. Chromobacterium violaceum lectin CV-IIL is member of PA-IIL lectin superfamily and shows similar function. The binding free energies of complexes of PA-IIL with carbohydrates and complexes of CV-IIL with carbohydrates were estimated by thermodynamic integration method. Computed binding free energies of PA-IIL, CV-IIL and various monosaccharides were compared with isothermal titration calorimetry data. Computed affinities differ from experimental values in range of 0.1 to 1.0 kcal/mol.

Návaznosti

GD301/09/H004, projekt VaV
Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny
Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny
LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
ME08008, projekt VaV
Název: Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik, Program výzkumu a vývoje KONTAKT (ME)
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím