2010
Computational Study of the MutH Enzyme Reactivity
STŘELCOVÁ, Zora, Petr KULHÁNEK a Jaroslav KOČAZákladní údaje
Originální název
Computational Study of the MutH Enzyme Reactivity
Název česky
Výpočetní studie reakčního mechanismu enzymu MutH
Autoři
STŘELCOVÁ, Zora (203 Česká republika, garant, domácí), Petr KULHÁNEK (203 Česká republika, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí)
Vydání
XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2010
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/10:00049618
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
MutH enzyme reaction mechanism endonucleases QM/MM computational chemistry
Změněno: 21. 3. 2012 14:08, Mgr. Anísa Kabarová
Anotace
V originále
MutH enzyme is an integral part of the DNA repair mechanism called Methyl-directed Mismatch Repair, which is responsible for removing of mismatches introduced in DNA replication process. The repair mechanism depends on three enzymes MutS, MutL and MutH which cooperate on following way: the mismatch is identified by MutS and the information is transferred through MutL to MutH enzyme, which specifically recognizes GATC sequence on daughter DNA strand. Close to the G base this strand is cleaved by MutH and incorrectly paired base is removed. Missing part of DNA can be renewed. Here we present the elucidation of the MutH enzyme reaction mechanism using computational chemistry approach, namely Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM) tools. All available structures are considered as the pre-reaction complexes because they contain Ca2+ ions which inhibit the cleavage reaction. To suggest the reaction mechanism of the cleavage, the Mg2+ (known as cofactors) are included to the calculation.
Návaznosti
| GD301/09/H004, projekt VaV |
| ||
| LC06030, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
|