Informační systém Masarykovy univerzity 

High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker

česky | in English

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM a David ŠAFRÁNEK. High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker. Briefings in Bioinformatics, Oxford (UK): Oxford University Press, 2010, roč. 11, č. 3, s. 301-312. ISSN 1467-5463.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker
Autoři BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Briefings in Bioinformatics, Oxford (UK), Oxford University Press, 2010, 1467-5463.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW DOI Abstract PDF reprint
Impakt faktor Impact factor: 9.283
Kód RIV RIV/00216224:14330/10:00043826
Organizační jednotka Fakulta informatiky
UT WoS 000277985300005
Klíčová slova anglicky molecular interaction networks; mathematical modeling and computer simulation; kinetic models; discrete abstraction; high-performance computing; model checking
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 2. 2. 2011 09:29.
Anotace
The current interest in systems biology is to gain a better understanding of how the complex dynamic behaviour of the cell emerges from mutual interactions of molecular species. When solving such a nontrivial goal, biological data have to be necessarily integrated with mathematical modelling and computer analysis. Since the key aspect of biological modelling is based on unifying several kinds of data captured in terms of large-scale biological networks, scalable and automatized methods are necessary to obtain novel predictions and understanding. In this review, we provide a brief description of the tool DiVinE adapted for automatized analysis of biological systems dynamics. The tool employs high-performance computing techniques to enable analysis of large models.
Anotace česky
Článek představuje paralelní distribuovaný model checker DiVinE ve vazbě na aplikaci v systémové biologii. Prostřednictvím metody model checking lze analyzovat dynamiku modelů biochemických reakcí. Článek shrnuje výsledky dosažené v oblasti škálovatelnosti algoritmu model checkingu pro lineární temprální logiku na paralelních architekturách. Představeny jsou výsledky aplikace na konkrétní problémy v systémové biologii.
Návaznosti
GA201/09/1389, projekt VaVNázev: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
GP201/09/P497, projekt VaVNázev: Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware
Investor: Grantová agentura ČR, Postdoktorské projekty
MSM0021622419, záměrNázev: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
VytisknoutZobrazeno: 20. 9. 2017 23:46

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 20. 9. 2017 23:46, 38. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému