2010
High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker
BARNAT, Jiří; Luboš BRIM a David ŠAFRÁNEKZákladní údaje
Originální název
High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker
Autoři
BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí); Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí)
Vydání
Briefings in Bioinformatics, Oxford (UK), Oxford University Press, 2010, 1467-5463
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 9.283
Kód RIV
RIV/00216224:14330/10:00043826
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
UT WoS
000277985300005
Klíčová slova anglicky
molecular interaction networks; mathematical modeling and computer simulation; kinetic models; discrete abstraction; high-performance computing; model checking
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 2. 2011 09:29, prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
V originále
The current interest in systems biology is to gain a better understanding of how the complex dynamic behaviour of the cell emerges from mutual interactions of molecular species. When solving such a nontrivial goal, biological data have to be necessarily integrated with mathematical modelling and computer analysis. Since the key aspect of biological modelling is based on unifying several kinds of data captured in terms of large-scale biological networks, scalable and automatized methods are necessary to obtain novel predictions and understanding. In this review, we provide a brief description of the tool DiVinE adapted for automatized analysis of biological systems dynamics. The tool employs high-performance computing techniques to enable analysis of large models.
Česky
Článek představuje paralelní distribuovaný model checker DiVinE ve vazbě na aplikaci v systémové biologii. Prostřednictvím metody model checking lze analyzovat dynamiku modelů biochemických reakcí. Článek shrnuje výsledky dosažené v oblasti škálovatelnosti algoritmu model checkingu pro lineární temprální logiku na paralelních architekturách. Představeny jsou výsledky aplikace na konkrétní problémy v systémové biologii.
Návaznosti
| GA201/09/1389, projekt VaV |
| ||
| GP201/09/P497, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622419, záměr |
|