MARTÍNEK, Tomáš a Matej LEXA. Hardware Acceleration of Approximate Tandem Repeat Detection. In 18th IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines. Los Alamitos, CA, USA: IEEE Computer Society, 2010. s. 79-86, 8 s. ISBN 978-0-7695-4056-6.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Hardware Acceleration of Approximate Tandem Repeat Detection
Autoři MARTÍNEK, Tomáš (203 Česko, garant) a Matej LEXA (703 Slovensko, domácí).
Vydání Los Alamitos, CA, USA, 18th IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines, od s. 79-86, 8 s. 2010.
Nakladatel IEEE Computer Society
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
Kód RIV RIV/00216224:14330/10:00048631
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-0-7695-4056-6
Klíčová slova česky FPGA; tandemové opakování; analýza sekvence DNA; systolické pole; dynamické programování
Klíčová slova anglicky Approximate tandem repeat; dynamic programming; systolic array; FPGA; DNA;
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 17. 1. 2013 16:44.
Anotace
Understanding the structure and function of DNA sequences represents an important area of research in modern biology. Unfortunately, analysis of such data is often complicated by the presence of mutations introduced by evolutionary processes.They increase the time-complexity of algorithms for sequence analysis by introducing an element of uncertainty, complicating their practical usage. This paper investigates the possibilities for hardware acceleration of approximate tandem repeat searching and describes a parametrized architecture suitable for chips with FPGA technology. The proposed architecture is able to detect tandems with both types of errors (mismatches and indels) and does not limit the length of detected tandem. A prototype of the circuit was implemented in VHDL language and synthesized for Virtex5 technology. Application on test sequences shows that the circuit is able to speed up tandem searching in orders of thousands in comparison with the best-known software method relying on suffix arrays.
Anotace česky
Prezentujeme algoritmus pro vyhledavani pribliznych tandemovych opakovani v biologickych sekvencich. Algoritmus je implementovan na FPGA cipech.
Návaznosti
GA204/08/1560, projekt VaVNázev: Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
VytisknoutZobrazeno: 5. 7. 2020 06:12