a 2010

Information content analysis in automated microscopy imaging using modified autofocusing approach

BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK

Základní údaje

Originální název

Information content analysis in automated microscopy imaging using modified autofocusing approach

Autoři

Vydání

EMBO Workshop Advanced Light Microscopy - 10th International ELMI Meeting, 2010

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/10:00044036

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

automated microscopy; autofocusing; 3D information content analysis

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 11. 10. 2010 11:41, RNDr. Mgr. Silvie Luisa Brázdilová, Ph.D.

Anotace

V originále

This contribution shows how to modify classical autofocusing in optical microscopy to perform automated analysis of information content in image data generated by the instrument, even if dealing with thick specimen or working in confocal mode. The new approach is useful for finding 3D regions of interest prior to image acquisition, which enables the user to record precisely those places in space that contain useful image data. This results in shorter acquisition time and less memory consumption as compared to the acquisition of classical large rectangular volumes containing more background regions than object regions (especially for a sparse specimen and camera-based systems). The standard process of image focusing assumes unimodal behaviour of the focus function. In real world, however, this assumption is often not fulfilled and the objects normally do not lie in one plane. There may be interesting planes of focus present in the focus function plot, which are suppressed by other, more distinctive, planes that prevent the autofocus algorithm from detecting them. Therefore, our goal was to find all the interesting z-planes with rich in-focus information content (even those that are hard to detect by the human eye) for a given lateral region. A new technique is employed based on dividing the field of view into several sub-fields and applying the focus function to each of them independently. The separated results are then merged in order to gain a global view of the 3D regions of interest. We actually reduce the problem of finding more z-planes in one image to the problem of finding one z-plane in multiple images. In such a way, one can make use of automated focusing to obtain more accurate and reliable results as compared to those of manual focusing or standard unimodal autofocusing.

Návaznosti

LC535, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
MUNI/A/0914/2009, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů