BOX COUNTING METHOD IN RECORD, PROCESSING AND EVALUATION OF
GENOMIC SIGNALS

D 2010

BOX COUNTING METHOD IN RECORD, PROCESSING AND EVALUATION OF GENOMIC SIGNALS

VALLA, Martin; Jiří NEDVĚD; Dušan PAVLÍK; Vojtěch ADAM; Jaromír HUBÁLEK et al.

Základní údaje

Originální název

BOX COUNTING METHOD IN RECORD, PROCESSING AND EVALUATION OF GENOMIC SIGNALS

Autoři

VALLA, Martin; Jiří NEDVĚD; Dušan PAVLÍK; Vojtěch ADAM; Jaromír HUBÁLEK; Libuše TRNKOVÁ; René KIZEK a Ivo PROVAZNÍK

Vydání

Brno, X. pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků - sborník příspěvků, od s. 243-249, 7 s. 2010

Nakladatel

Mendelova univerzita v Brně

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10406 Analytical chemistry

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/10:00040547

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-80-7375-396-2

UT WoS

000400414900077

Klíčová slova anglicky

Fractals; dimension; Citrobacter youngae; Homo sapiens

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 24. 8. 2020 11:34, Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS.

Anotace

V originále

Fractals are geometrical shapes with noninteger dimension and invariation against change of scale factor. For each geometrical shape, one parameter, dimension, can be calculated. For calculation, Box Counting Method (BCM) was chosen. Determination of dimension on one level of resolution is not sufficient, it is necessary to subsequently process it and determine multifractal coefficient. Aim of interest consists in image analysis obtained from linear sequence of DNA code. For analysis itself, sequences of Homo sapiens Atlase and Citrobacter youngae were chosen. Results of calculation are fractal coefficients derived from dimensions of generated structures. This result enables to introduce criterion for sequences determination. Graphical outputs may be also represented as multidimensional alternative transformation of linearly recorded genomic signal. Algorithms are developed in environment of matrix laboratory MATLAB. Origin of data is in public database EMBL (ESI) and GenBank (NCBI).

Návaznosti

LC06035, projekt VaV

Název: Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu.

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu

Citovat

VALLA, Martin; Jiří NEDVĚD; Dušan PAVLÍK; Vojtěch ADAM; Jaromír HUBÁLEK; Libuše TRNKOVÁ; René KIZEK a Ivo PROVAZNÍK. BOX COUNTING METHOD IN RECORD, PROCESSING AND EVALUATION OF GENOMIC SIGNALS. In X. pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků - sborník příspěvků. Brno: Mendelova univerzita v Brně, 2010, s. 243-249. ISBN 978-80-7375-396-2.

@inproceedings{889991,
   author = {Valla, Martin and Nedvěd, Jiří and Pavlík, Dušan and Adam, Vojtěch and Hubálek, Jaromír and Trnková, Libuše and Kizek, René and Provazník, Ivo},
   address = {Brno},
   booktitle = {X. pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků - sborník příspěvků},
   keywords = {Fractals; dimension; Citrobacter youngae; Homo sapiens},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Brno},
   isbn = {978-80-7375-396-2},
   pages = {243-249},
   publisher = {Mendelova univerzita v Brně},
   title = {BOX COUNTING METHOD IN RECORD, PROCESSING AND EVALUATION OF GENOMIC SIGNALS},
   year = {2010}
}

TY  - CONF
ID  - 889991
AU  - Valla, Martin - Nedvěd, Jiří - Pavlík, Dušan - Adam, Vojtěch - Hubálek, Jaromír - Trnková, Libuše - Kizek, René - Provazník, Ivo
PY  - 2010
TI  - BOX COUNTING METHOD IN RECORD, PROCESSING AND EVALUATION OF GENOMIC SIGNALS
PB  - Mendelova univerzita v Brně
CY  - Brno
SN  - 9788073753962
KW  - Fractals
KW  - dimension
KW  - Citrobacter youngae
KW  - Homo sapiens
N2  - Fractals are geometrical shapes with noninteger dimension and invariation against change of scale factor. For each geometrical shape, one parameter, dimension, can be calculated. For calculation, Box Counting Method (BCM) was chosen. Determination of dimension on one level of resolution is not sufficient, it is necessary to subsequently process it and determine multifractal coefficient. Aim of interest consists in image analysis obtained from linear sequence of DNA code. For analysis itself, sequences of Homo sapiens Atlase and Citrobacter youngae were chosen. Results of calculation are fractal coefficients derived from dimensions of generated structures. This result enables to introduce criterion for sequences determination. Graphical outputs may be also represented as multidimensional alternative transformation of linearly recorded genomic signal. Algorithms are developed in environment of matrix laboratory MATLAB. Origin of data is in public database EMBL (ESI) and GenBank (NCBI).
ER  -

VALLA, Martin; Jiří NEDVĚD; Dušan PAVLÍK; Vojtěch ADAM; Jaromír HUBÁLEK; Libuše TRNKOVÁ; René KIZEK a Ivo PROVAZNÍK. BOX COUNTING METHOD IN RECORD, PROCESSING AND EVALUATION OF GENOMIC SIGNALS. In \textit{X. pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků - sborník příspěvků}. Brno: Mendelova univerzita v Brně, 2010, s.~243-249. ISBN~978-80-7375-396-2.

Přehled o publikaci