J 2010

The role of chromatin condensation during granulopoiesis in the regulation of gene cluster expression

STEJSKAL, Stanislav; Irena KRONTORÁD KOUTNÁ; Pavel MATULA; Zdeněk RUČKA; Ondřej DANĚK et al.

Základní údaje

Originální název

The role of chromatin condensation during granulopoiesis in the regulation of gene cluster expression

Název česky

Role chromatinové kondenzace v regulaci genových lokusů během granulopoézy

Autoři

Vydání

Epigenetics, USA, Landes Bioscience, 2010, 1559-2294

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 4.622

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/10:00044622

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

UT WoS

Klíčová slova česky

Granulocyty; Imunohistochemie; RNA polymerasa II; Analýza obrazu; buněčná diferenciace

Klíčová slova anglicky

Granulocytes; Immunohistochemistry; RNA polymerase II; Image analysis; Cell differentiation

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 13. 4. 2012 00:35, doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.

Anotace

V originále

Changes in nuclear architecture play an important role in the regulation of gene expression. The importance of epigenetic changes is observed during granulopoiesis, when changes in the nuclear architecture are considered a major factor that influences the downregulation of genes. We aimed to assess the influence of chromatin condensation on the regulation of gene expression during granulopoiesis. Based on a previously published microarray analysis, we chose loci with different levels of transcriptional activity during granulopoiesis. Fluorescent in situ hybridisation (FISH) and immunofluorescent labelling of RNA polymerase II were used to determine the relationship between the transcriptional activity of gene clusters and their localisation within areas with different levels of chromatin condensation. Although active loci were positioned outside of areas of condensed chromatin, downregulation of genes during granulopoiesis was not accompanied by a shift of the downregulated loci to condensed areas. Only the beta-globin cluster was subjected to chromatin condensation and localised to condensed areas. Our results indicate that granulopoiesis is accompanied by a non-random, tissue-specific pattern of chromatin condensation. Furthermore, we observed that the decrease in the quantity of RNA polymerase II correlates with the differentiation process and likely acts in synergy with chromatin condensation to downregulate total gene expression.

Návaznosti

MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
MSM0021622430, záměr
Název: Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů