Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein

HÓBOR, Fruzsina, Roberto PERGOLI, Karel KUBÍČEK, Dominika HROŠŠOVÁ, Veronika BAČÍKOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Josef PASULKA, Ctirad HOFR, Štěpánka VAŇÁČOVÁ a Richard ŠTEFL. Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein. The Journal of Biological Chemistry. Am. Soc. for Biochem. and Mol. Biol., 2011, roč. 286, č. 5, s. 3645-3657. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.M110.158774.

Základní údaje

Originální název

Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein

Autoři

HÓBOR, Fruzsina (348 Maďarsko, domácí), Roberto PERGOLI (380 Itálie, domácí), Karel KUBÍČEK (203 Česká republika, domácí), Dominika HROŠŠOVÁ (703 Slovensko, domácí), Veronika BAČÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Michal ZIMMERMANN (203 Česká republika, domácí), Josef PASULKA (203 Česká republika, domácí), Ctirad HOFR (203 Česká republika, domácí), Štěpánka VAŇÁČOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Richard ŠTEFL (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

The Journal of Biological Chemistry, Am. Soc. for Biochem. and Mol. Biol. 2011, 0021-9258

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 4.773

Kód RIV

RIV/00216224:14740/11:00049398

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M110.158774

UT WoS

000286653200048

Klíčová slova česky

NMR; proteinová struktura; zpracování RNA; interakce mezi proteinem a RNA; ukončení transkripce

Klíčová slova anglicky

NMR; Protein structure; RNA processing; RNA-protein interaction; Transcription termination

Štítky

ok, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Non-coding RNA polymerase II transcripts are processed by the poly(A) independent termination pathway that requires the Nrd1 complex. The Nrd1 complex includes two RNA-binding proteins, the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 and the nuclear pre-mRNA down-regulation (Nrd)1 that bind their specific termination elements. Here we report the solution structure of the RNA-recognition motif (RRM) of Nab3 in complex with a UCUU oligonucleotide, representing the Nab3 termination element. The structure shows that the first three nucleotides of UCUU are accommodated on the beta-sheet surface of Nab3 RRM, but reveals a sequence specific recognition only for the central cytidine and uridine. The specific contacts we identified are important for binding affinity in vitro as well as for yeast viability. Further, we show that both RNA-binding motifs of Nab3 and Nrd1 alone bind their termination elements with a weak affinity. Interestingly, when Nab3 and Nrd1 form a heterodimer, the affinity to RNA is significantly increased due to the cooperative binding. These findings are in accordance with the model of their function in the poly(A) independent termination, in which the binding to the combined and/or repetitive termination elements elicits efficient termination.

Česky

Článek se zabývá studiem struktury a biologické funkce RNA vázajícího proteinu Nab3 a jeho interakce s oligonukleotidem UCUU.

---

Návaznosti

GAP305/10/1490, projekt VaV	Název: Strukturní podstata ukončení transkripce nezávislé na poly(A) signálu Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní podstata ukončení transkripce nezávislé na poly(A) signálu
GA204/08/1212, projekt VaV	Název: Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA
GD204/08/H054, projekt VaV	Název: Molekulární mechanismy proliferace a diferenciace buněk Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární mechanismy proliferace a diferenciace buněk
IAA401630903, projekt VaV	Název: Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů Investor: Akademie věd ČR, Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů
LA08008, projekt VaV	Název: Strukturní studium interakcí mezi bíkovinami a poškozenou RNA. Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturní studium interakcí mezi bílkovinami a poškozenou RNA
MSM0021622413, záměr	Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
MSM0021622415, záměr	Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
084316/Z/07/Z, interní kód MU	Název: Polyadenylation and mechanisms of nuclear RNA quality control Investor: Wellcome Trust, Polyadenylation and mechanisms of nuclear RNA quality control
1642, interní kód MU	Název: EMBO Young Investigator Programme (Akronym: EMBO) Investor: EMBO (European Molecular Biology Organization), EMBO Young Investigator Programme
205872, interní kód MU	Název: Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions (Akronym: POSTBIOMIN) Investor: Evropská unie, Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions, Kapacity