2011
E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes
ŠAFRÁNEK, David; Jan ČERVENÝ; Matej KLEMENT; Jana POSPÍŠILOVÁ; Luboš BRIM et al.Základní údaje
Originální název
E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes
Autoři
ŠAFRÁNEK, David; Jan ČERVENÝ; Matej KLEMENT; Jana POSPÍŠILOVÁ; Luboš BRIM; Dušan LAZÁR a Ladislav NEDBAL
Vydání
BioSystems, Elsevier, 2011, 0303-2647
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 1.784
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14330/11:00049652
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
UT WoS
Klíčová slova anglicky
Biomodels repository; Computational models; Photosynthesis; Systems biology; Web platform
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 1. 7. 2013 10:23, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
V originále
E-photosynthesis framework is a web-based platform for modeling and analysis of photosynthetic processes. Compared to its earlier version, the present platform employs advanced software methods and technologies to support an effective implementation of vastly diverse kinetic models of photosynthesis. We report on the first phase implementation of the tool new version and demonstrate the functionalities of model visualization, presentation of model components, rate constants, initial conditions and of model annotation. The demonstration also includes export of a model to the Systems Biology Markup Language format and remote numerical simulation of the model.
Česky
Článek představuje novou verzi webového portálu e-photosynthesis.org pro počítačové modelování procesů fotosyntézy. Oproti minulé verzi je kompletně přebudováno jádro i rozhraní systému. Systém je nyní připraven pro obecnou strukturu diferenciálních modelů kompatibilních s formátem SBML. Rozhraní umožňuje registrovaným uživatelem modifikaci parametrů a tvorbu vlastních simulačních profilů. Vlastní simulace modelů je realizována prostřednictvím ODE solveru Octave a je presentována uživateli prostřednictvím grafického zobrazení simulovaných křivek.
Návaznosti
| GA201/09/1389, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622419, záměr |
| ||
| MUNI/A/0914/2009, interní kód MU |
|