R 2010

CAVER 2.1

BENEŠ, Petr, Barbora KOZLÍKOVÁ, Ondřej STRNAD, Vilém ŠUSTR, Eva CHOVANCOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

CAVER 2.1

Název česky

CAVER 2.1

Autoři

BENEŠ, Petr (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí), Vilém ŠUSTR (203 Česká republika, domácí), Eva CHOVANCOVÁ (203 Česká republika, domácí), Antonín PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Tibor SZABÓ (703 Slovensko), Matúš ZAMBORSKÝ (703 Slovensko), Jiří SOCHOR (203 Česká republika, garant, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí) a Lada BIEDERMANNOVÁ (203 Česká republika)

Vydání

2010

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Software

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14330/10:00040637

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova česky

tunel analýza vizualizace

Klíčová slova anglicky

channel analysis visualization

Technické parametry

computer program

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 31. 10. 2011 12:47, RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

CAVER algorithm enables rapid and fully automated calculation of specific pathways called channels in protein molecules. It enables to compute channels in static molecules as well as in molecular dynamics. CAVER is distributed as standalone plugin for PyMOL and also as a part of CAVER Viewer visualization tool. It enables to display computed channels and to perform various subsequent analyses. CAVER Viewer is available as a standalone software or as a Java Web Start application.

Česky

CAVER algoritmus umožňuje plně automatizovaný výpočet takzvaných tunelů v molekulách proteinů. Výpočet probíhá jak na statických datech, tak na sekvencích molekulové dynamiky, kdy dochází k automatické detekci daného tunelu v jednotlivých snímcích. CAVER je dostupný jako zásuvný modul pro program PyMOL nebo jako součást aplikace CAVER Viewer. Ta se věnujekromě jiného zejména vizualizaci spočtených tunelů a pomocí různých funkcí umožňuje následnou analýzu takovýchto tunelů. CAVER Viewer je možné získat jako samostatnou aplikaci nebo ve formě Java Web Start na stránkách projektu.

Návaznosti

GA201/07/0927, projekt VaV
Název: Vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Vizualice proteinových struktur
IAA100040602, projekt VaV
Název: Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace.
Investor: Akademie věd ČR, Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace
LC06010, projekt VaV
Název: Centrum biokatalýzy a biotransformací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biokatalýzy a biotransformací
MSM0021622412, záměr
Název: Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální, regionální a lokální úrovni (INCHEMBIOL) (Akronym: INCHEMBIOL)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální , regionální a lokální úrovni
MUNI/A/0057/2011, interní kód MU
Název: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKONF)
Investor: Masarykova univerzita, Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty