BENEŠ, Petr, Barbora KOZLÍKOVÁ, Ondřej STRNAD, Vilém ŠUSTR, Eva CHOVANCOVÁ, Antonín PAVELKA, Jan BREZOVSKÝ, Tibor SZABÓ, Matúš ZAMBORSKÝ, Jiří SOCHOR, Jiří DAMBORSKÝ a Lada BIEDERMANNOVÁ. CAVER 2.1. 2010.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CAVER 2.1
Název česky CAVER 2.1
Autoři BENEŠ, Petr (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí), Vilém ŠUSTR (203 Česká republika, domácí), Eva CHOVANCOVÁ (203 Česká republika, domácí), Antonín PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Tibor SZABÓ (703 Slovensko), Matúš ZAMBORSKÝ (703 Slovensko), Jiří SOCHOR (203 Česká republika, garant, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí) a Lada BIEDERMANNOVÁ (203 Česká republika).
Vydání 2010.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Software
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14330/10:00040637
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Klíčová slova česky tunel analýza vizualizace
Klíčová slova anglicky channel analysis visualization
Technické parametry computer program
Štítky channel calculation
Příznaky Mezinárodní význam
Změnil Změnil: RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D., učo 139568. Změněno: 31. 10. 2011 12:47.
Anotace
CAVER algorithm enables rapid and fully automated calculation of specific pathways called channels in protein molecules. It enables to compute channels in static molecules as well as in molecular dynamics. CAVER is distributed as standalone plugin for PyMOL and also as a part of CAVER Viewer visualization tool. It enables to display computed channels and to perform various subsequent analyses. CAVER Viewer is available as a standalone software or as a Java Web Start application.
Anotace česky
CAVER algoritmus umožňuje plně automatizovaný výpočet takzvaných tunelů v molekulách proteinů. Výpočet probíhá jak na statických datech, tak na sekvencích molekulové dynamiky, kdy dochází k automatické detekci daného tunelu v jednotlivých snímcích. CAVER je dostupný jako zásuvný modul pro program PyMOL nebo jako součást aplikace CAVER Viewer. Ta se věnujekromě jiného zejména vizualizaci spočtených tunelů a pomocí různých funkcí umožňuje následnou analýzu takovýchto tunelů. CAVER Viewer je možné získat jako samostatnou aplikaci nebo ve formě Java Web Start na stránkách projektu.
Návaznosti
GA201/07/0927, projekt VaVNázev: Vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Vizualice proteinových struktur
IAA100040602, projekt VaVNázev: Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace.
Investor: Akademie věd ČR, Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace
LC06010, projekt VaVNázev: Centrum biokatalýzy a biotransformací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biokatalýzy a biotransformací
MSM0021622412, záměrNázev: Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální, regionální a lokální úrovni (INCHEMBIOL) (Akronym: INCHEMBIOL)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální , regionální a lokální úrovni
MUNI/A/0057/2011, interní kód MUNázev: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKONF)
Investor: Masarykova univerzita, Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 07:58