J 2010

FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking

OLŠÁK, Marek; Jiří FILIPOVIČ a Martin PROKOP

Základní údaje

Originální název

FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking

Název česky

FastGrid -- akcelerované generování AutoGrid map pro molekulový docking

Autoři

Vydání

Computing and Informatics, Bratislava, Slovak Academy of Sciences, 2010, 1335-9150

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Slovensko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 0.356

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/10:00045786

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

UT WoS

Klíčová slova česky

akcelerace; GPU; CUDA; AutoDock; AutoGrid

Klíčová slova anglicky

acceleration; GPU; CUDA; AutoDock; AutoGrid

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 13. 1. 2011 08:50, doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

The AutoDock suite is widely used molecular docking software consisting of two main programs -- AutoGrid for precomputation of potential grid maps and AutoDock for docking into potential grid maps. In this paper, the acceleration of potential maps generation based on AutoGrid and its implementation called FastGrid is presented. The most computationally expensive algorithms are accelerated using GPU, the rest of algorithms run on CPU with asymptotically lower time complexity that has been obtained using more sophisticated data structures than in the original AutoGrid code. Moreover, the CPU implementation is parallelized to fully exploit computational power of machines that are equipped with more CPU cores than GPUs. Our implementation outperforms original AutoGrid more than 400x for large, but quite common molecules and sufficiently large grids.

Česky

Balík AutoDock je široce používaný software pro molekulové dokování. Skládá ze ze dvou hlavních programů -- AutoGridu pro předpočítání potenciálových gridových map a AutoDocku pro dokování do těchto map. V tomto článku prezentujeme akceleraci generování potenciálových map založenou na AutoGridu a její implementaci jménem FastGrid. Nejnáročnější výpočty jsou akcelerovány pomocí GPU, zbytek běží na CPU s nižší asymptotickou složitostí, které bylo dosaženo použitím sofistikovanějších datových struktur než v originálním AutoGridu. CPU implmentace je navíc paralelizována, aby dokázala využít stroje které mají více CPU jader než GPU. Naše implementace překonává originální AutoGrid více než 400x pro velké, ale ještě běřné molekuly a dostatečně velké mřížky.

Návaznosti

MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
MUNI/A/0914/2009, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty