Single-base Resolution Nucleosome Mapping on DNA Sequences

GABDANK, Idan, Danny BARASH a Eduard TRIFONOV. Single-base Resolution Nucleosome Mapping on DNA Sequences. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS. United States: ADENINE PRESS, 2010, roč. 28, č. 1, s. 107-121. ISSN 0739-1102.

Základní údaje

• Originální název: Single-base Resolution Nucleosome Mapping on DNA Sequences
• Autoři: GABDANK, Idan (376 Izrael, garant), Danny BARASH (376 Izrael) a Eduard TRIFONOV (376 Izrael, domácí).
• Vydání: JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, United States, ADENINE PRESS, 2010, 0739-1102.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Spojené státy
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 4.986
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/10:00045999
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000278516000009
• Klíčová slova anglicky: Chromatin code; DNA hendability; Nucleosome DNA; Nucleosome positioning; Nucleosome structure

Anotace

Nucleosome DNA bendahility pattern extracted from large nucleosome DNA database of C. elegans is used for construction of full length (116 dinucleotide positions) nucleosome DNA bendahility matrix. The matrix can he used for sequence-directed mapping of the nucleosomes on the sequences. Several alternative positions for a given nucleosome are typically predicted. separated by multiples of nucleosome DNA period. The corresponding computer program is successfully tested on best known experimental examples of accurately positioned nucleosomes. The uncertainty of the computational mapping is +/- 1 base. The procedure is placed on publicly accessible server and can he applied to any DNA sequence of interest.

Návaznosti

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací