GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš and Aleš KŘENEK. Compression of Vector Field Changing in Time. Online. In Ludek Matyska, Michal Kozubek, Tomas Vojnar and Pavel Zemcik, David Antos. Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2011, p. 40-46. ISBN 978-3-939897-22-4.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Compression of Vector Field Changing in Time
Name in Czech Komprese v čase proměnného vektorového pole
Authors GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Aleš KŘENEK (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution).
Edition Dagstuhl, Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, p. 40-46, 7 pp. 2011.
Publisher Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
Other information
Original language English
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Publication form electronic version available online
WWW URL
RIV identification code RIV/00216224:14610/11:00052110
Organization unit Institute of Computer Science
ISBN 978-3-939897-22-4
ISSN 2190-6807
Keywords (in Czech) haptika; molekulární docking; ztrátová komprese
Keywords in English haptics; molecular docking; lossy compression
Tags rivok
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Changed: 9/4/2013 15:57.
Abstract
One of the problems connected with a real-time protein-ligand docking simulation is the need to store series of precomputed electrostatic force fields of a molecule changing in time. A single frame of the force field is a 3D array of floating point vectors and it constitutes approximately 180 MB of data. Therefore requirements on storage grow rapidly if several hundreds of such frames need to be stored. We propose a lossy compression method of such force field, based on audio and video coding, and we evaluate its properties and performance.
Abstract (in Czech)
Jeden z problémů spojených se simulací molekulárního dockingu v reálném čase jsou požadavky na uložení předpočítaného v čase se měnícího silového pole. Jeden snímek je představován třírozměrným polem třírozměrných vektorů o celkové velikosti cca. 180 MB. Požadavky na uložení stovek takových snímků jsou tedy enormní. V článku navrhujeme ztrátovou kompresi takového silového pole, je založena na známých algoritmech komprese audia a videa. Dále vyhodnocujeme vlastnosti a výkon navržené metody.
Links
MSM0021622419, plan (intention)Name: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Highly Parallel and Distributed Computing Systems
PrintDisplayed: 18/7/2024 14:32