Optimization of mass spectral features in MALDI-TOF MS profiling of Acinetobacter species

ŠEDO, Ondrej, Aleš VORÁČ a Zbyněk ZDRÁHAL. Optimization of mass spectral features in MALDI-TOF MS profiling of Acinetobacter species. Systematic and Applied Microbiology. Elsevier, 2011, roč. 34, č. 1, s. 30-34. ISSN 0723-2020. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2010.11.008.

Základní údaje

Originální název

Optimization of mass spectral features in MALDI-TOF MS profiling of Acinetobacter species

Název česky

Optimalizace parametrů MALDI-TOF hmotnostních spekter Acinetobacter sp.

Autoři

ŠEDO, Ondrej (203 Česká republika, domácí), Aleš VORÁČ (203 Česká republika, domácí) a Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2011, 0723-2020

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10406 Analytical chemistry

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 3.366

Kód RIV

RIV/00216224:14740/11:00052199

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2010.11.008

UT WoS

000289395200005

Klíčová slova česky

Acinetobacter sp.; identifikace bakterií; MALDI-TOF MS

Klíčová slova anglicky

Acinetobacter sp.; bacteria identification; MALDI-TOF MS

Štítky

ok, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

The influence of the matrix solution, sample form and deposition technique on the quality MALDI-TOF mass spectra was examined and assessed with the aim to improve MALDI-TOF MS performance for the identification of microorganisms and to enable automatic spectra acquisition. It was observed that the use of matrix compounds ferulic and sinapinic acid may result in improved mass spectral features, in terms of signal resolution and S/N ratio, as compared to alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid, which was, on the other hand, found to be the only matrix compound that enabled fully automatic mass spectra acquisition. The robustness of the whole sample preparation procedure was then assessed on a set of 25 strains of four Acinetobacter species. Results showed reproducible detection of subtle mass spectral differences between strains belonging to the same species, although they do not confirm the possibility of reliable strain typing.

Česky

Vliv složení roztoku matrice, formy vzorku a metody nanášení vzorku na kvalitu MALDI-TOF hmotnostních spekter byl zkoumán s ohledem na zlepšení a automatizovatelnost metody. Bylo zjištěno, že použití kyselin ferulové nebo sinapové jako matricí může zlepšit rozlišení a poměr signál/šum, kyselina alfa-kyano-4-hydroxyskořicová oproti tomu byla jedinou matricí, která poskytla hmotnostní spektra automatickým sběrem dat. Robustnost celého postupu byla testována na 25 kmenech Acinetobacter sp. Pozorována byla možnost reprodukovatelně detekovat jemné rozdíly mezi spektry, nicméně nebyla potvrzena možnost spolehlivé klasifikace na kmenové úrovni.

---

Návaznosti

LC06034, projekt VaV	Název: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů
MSM0021622415, záměr	Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
QI101A094, projekt VaV	Název: Metody tlumení produkčních chorob skotu - BVD-MD a paratuberkulóza Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Metody tlumení produkčních chorob skotu - BVD-MD a paratuberkulóza, Udržitelný rozvoj agrárního sektoru
2B08060, projekt VaV	Název: Vývoj diagnostiky a léčby závažných onemocnění srdce a cév pomocí genomických a epigenomických přístupů (Akronym: EPICARD) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vývoj diagnostiky a léčby závažných onemocnění srdce a cév pomocí genomických a epigenomických přístupů