Optimization of mass spectral features in MALDI-TOF MS profiling of Acinetobacter species

ŠEDO, Ondrej, Aleš VORÁČ a Zbyněk ZDRÁHAL. Optimization of mass spectral features in MALDI-TOF MS profiling of Acinetobacter species. Online. Systematic and Applied Microbiology. Elsevier, 2011, roč. 34, č. 1, s. 30-34. ISSN 0723-2020. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2010.11.008. [citováno 2024-04-23]

Základní údaje

• Originální název: Optimization of mass spectral features in MALDI-TOF MS profiling of Acinetobacter species
• Název česky: Optimalizace parametrů MALDI-TOF hmotnostních spekter Acinetobacter sp.
• Autoři: ŠEDO, Ondrej (203 Česká republika, domácí), Aleš VORÁČ (203 Česká republika, domácí) a Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, garant, domácí)
• Vydání: Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2011, 0723-2020.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10406 Analytical chemistry
• Stát vydavatele: Německo
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 3.366
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/11:00052199
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2010.11.008
• UT WoS: 000289395200005
• Klíčová slova česky: Acinetobacter sp.; identifikace bakterií; MALDI-TOF MS
• Klíčová slova anglicky: Acinetobacter sp.; bacteria identification; MALDI-TOF MS
• Štítky: ok, rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

The influence of the matrix solution, sample form and deposition technique on the quality MALDI-TOF mass spectra was examined and assessed with the aim to improve MALDI-TOF MS performance for the identification of microorganisms and to enable automatic spectra acquisition. It was observed that the use of matrix compounds ferulic and sinapinic acid may result in improved mass spectral features, in terms of signal resolution and S/N ratio, as compared to alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid, which was, on the other hand, found to be the only matrix compound that enabled fully automatic mass spectra acquisition. The robustness of the whole sample preparation procedure was then assessed on a set of 25 strains of four Acinetobacter species. Results showed reproducible detection of subtle mass spectral differences between strains belonging to the same species, although they do not confirm the possibility of reliable strain typing.

Anotace česky

Vliv složení roztoku matrice, formy vzorku a metody nanášení vzorku na kvalitu MALDI-TOF hmotnostních spekter byl zkoumán s ohledem na zlepšení a automatizovatelnost metody. Bylo zjištěno, že použití kyselin ferulové nebo sinapové jako matricí může zlepšit rozlišení a poměr signál/šum, kyselina alfa-kyano-4-hydroxyskořicová oproti tomu byla jedinou matricí, která poskytla hmotnostní spektra automatickým sběrem dat. Robustnost celého postupu byla testována na 25 kmenech Acinetobacter sp. Pozorována byla možnost reprodukovatelně detekovat jemné rozdíly mezi spektry, nicméně nebyla potvrzena možnost spolehlivé klasifikace na kmenové úrovni.

Návaznosti

• LC06034, projekt VaV: Název: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• QI101A094, projekt VaV: Název: Metody tlumení produkčních chorob skotu - BVD-MD a paratuberkulóza

Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Metody tlumení produkčních chorob skotu - BVD-MD a paratuberkulóza, Udržitelný rozvoj agrárního sektoru

• 2B08060, projekt VaV: Název: Vývoj diagnostiky a léčby závažných onemocnění srdce a cév pomocí genomických a epigenomických přístupů (Akronym: EPICARD)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vývoj diagnostiky a léčby závažných onemocnění srdce a cév pomocí genomických a epigenomických přístupů