a 2011

ACID-BASE PROPERTIES OF CYTOSINE-CONTAINING OLIGONUCLEOTIDES

HOLUBOVÁ, Sylvie; Zdeňka BALCAROVÁ; Přemysl LUBAL a Libuše TRNKOVÁ

Základní údaje

Originální název

ACID-BASE PROPERTIES OF CYTOSINE-CONTAINING OLIGONUCLEOTIDES

Autoři

HOLUBOVÁ, Sylvie; Zdeňka BALCAROVÁ; Přemysl LUBAL a Libuše TRNKOVÁ

Vydání

XXI INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOELECTROCHEMISTRY AND BIOENERGETICS, 2011

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Polsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/11:00052407

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-83-62139-23-1

Klíčová slova anglicky

ODN;cytosine;UV-Vis;spectrophotometry;protonation constant

Štítky

Změněno: 13. 4. 2012 12:34, prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.

Anotace

V originále

The protonation equilibria1 of short-chain cytosine homo-oligodeoxyribonucleotides (ODNs) were studied by means of voltammetry and UV-Vis spectra. The work was aimed at ssDNA fragments with different length of the ODN chain. The shortest and longest ODNs were dC3 and dC18, respectively. In order to know the thermodynamic stability of ODNs, the effect of temperature and ionic strength was studied. The protonation constants were calculated by using a hard model (OPIUM or EQUISPEC) 2,3. It was found that the prolongation of the ODN chain supports the formation of more non-canonical bonds in the hemiprotonated (C+-C) pair (“i-motif”). While the exothermic protonation of nucleotides (CMP or dCMP) does not differ, the thermodynamic parameters change for ODNs as a consequence of the existence of an “i-motif” confirmed also by elimination voltammetry with linear scan (EVLS)4. These facts are important for the knowledge of the secondary structure of ODNs containing C nucleobase.

Návaznosti

LC06035, projekt VaV
Název: Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu.
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu
MSM0021622412, záměr
Název: Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální, regionální a lokální úrovni (INCHEMBIOL) (Akronym: INCHEMBIOL)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální , regionální a lokální úrovni
MUNI/A/0992/2009, interní kód MU
Název: Vývoj metodologie a instrumentace analytické chemie pro studium složení a vlastností přírodních a syntetických materiálů (Akronym: MIA)
Investor: Masarykova univerzita, Vývoj metodologie a instrumentace analytické chemie pro studium složení a vlastností přírodních a syntetických materiálů, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty