J 2011

5D 13C-detected experiments for backbone assignment of unstructured proteins with a very low signal dispersion

NOVÁČEK, Jiří, Anna ZAWADZKA-KAZIMIERCZUK, Veronika PAPOUŠKOVÁ, Lukáš ŽÍDEK, Hana ŠANDEROVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

5D 13C-detected experiments for backbone assignment of unstructured proteins with a very low signal dispersion

Autoři

NOVÁČEK, Jiří (203 Česká republika, domácí), Anna ZAWADZKA-KAZIMIERCZUK (616 Polsko), Veronika PAPOUŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika, garant, domácí), Hana ŠANDEROVÁ (203 Česká republika), Libor KRÁSNÝ (203 Česká republika), Wiktor KOZMINSKI (616 Polsko) a Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Journal of Biomolecular NMR, Dordrecht, Springer Netherlands, 2011, 0925-2738

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10610 Biophysics

Stát vydavatele

Nizozemské království

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 3.612

Kód RIV

RIV/00216224:14740/11:00049942

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000290044400001

Klíčová slova anglicky

Intrinsically disordered proteins ; Non-uniform sampling ; 13C detection ; Longitudinal relaxation optimization ; Backbone assignment

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 1. 4. 2012 06:35, Olga Křížová

Anotace

V originále

Two novel 5D NMR experiments (CACONCACO, NCOCANCO) for backbone assignment of disordered proteins are presented. The pulse sequences exploit relaxation properties of the unstructured proteins and combine the advantages of 13C-direct detection, non-uniform sampling, and longitudinal relaxation optimization to maximize the achievable resolution and minimize the experimental time. The pulse sequences were successfully tested on the sample of partially disordered delta subunit from RNA polymerase from Bacillus subtilis. The unstructured part of this 20 kDa protein consists of 81 amino acids with frequent sequential repeats. A collection of 0.0003% of the data needed for a conventional experiment with linear sampling was sufficient to perform an unambiguous assignment of the disordered part of the protein from a single 5D spectrum.

Návaznosti

GAP206/11/0758, projekt VaV
Název: Vývoj metodologie s vysokým rozlišením pro NMR studie neuspořádaných proteinů s vysoce degenerovanými rezonančními frekvencemi (Akronym: HIGHRES)
Investor: Grantová agentura ČR, Vývoj metodologie s vysokým rozlišením pro NMR studie neuspořádaných proteinů s vysoce degenerovanými rezonančními frekvencemi
GA204/09/0583, projekt VaV
Název: Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií (Akronym: DELTA)
Investor: Grantová agentura ČR, Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií
GD301/09/H004, projekt VaV
Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny
Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny
LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
205872, interní kód MU
Název: Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions (Akronym: POSTBIOMIN)
Investor: Evropská unie, Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions, Kapacity
261863, interní kód MU
Název: BioNMR Facilities - Bio NMR (Akronym: BioNMR)
Investor: Evropská unie, BioNMR Facilities - Bio NMR, Kapacity