a 2011

PMFLib – A TOOLKIT FOR FREE ENERGY CALCULATIONS II

KULHÁNEK, Petr; Letif MONES; Zora STŘELCOVÁ; Istvan SIMON; Monika FUXREITER et al.

Základní údaje

Originální název

PMFLib – A TOOLKIT FOR FREE ENERGY CALCULATIONS II

Autoři

KULHÁNEK, Petr; Letif MONES; Zora STŘELCOVÁ; Istvan SIMON; Monika FUXREITER a Jaroslav KOČA

Vydání

Modeling Interactions in Biomolecules V, Kutná Hora, Czech Republic, 2011

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14740/11:00050026

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Klíčová slova anglicky

free energy; potential of mean force

Štítky

Změněno: 4. 4. 2012 10:13, Mgr. Nikola Kostlánová, Ph.D.

Anotace

V originále

The majority of chemical and biochemical processes can be described by underlying free energy behavior. One of the most commonly used simulation technique providing the free energy is the calculation of potential of mean force (PMF). PMF represents the free energy along a prescribed reaction coordinate and thus provides information about kinetics and thermodynamics of the studied (bio)chemical events. We have implemented five well established PMF methods into a single suite of programs, which we call PMFLib. Implemented methods are as follows: adaptive biasing force, constrained dynamics, metadynamics, umbrella sampling, and string method. Currently, interfaces to AMBER, CPMD, and XdynBP molecular dynamics codes are available. PMFLib also offers multiple-walkers extension of MTD and ABF methods. Another implemented method improving sampling is replica-exchange molecular dynamics.This allows utilization of PMFLib in calculations employing massive parallel simulations in heterogeneous computer environments.

Návaznosti

GD301/09/H004, projekt VaV
Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny
Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny
LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
205872, interní kód MU
Název: Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions (Akronym: POSTBIOMIN)
Investor: Evropská unie, Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions, Kapacity