2011
Metodologie stanovení variability alel MHC genů u ryb čeledi Cyprinidae
CIVÁŇOVÁ, Kristína; Andrea VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ; Kristýna HEJLOVÁ a Jean-Francois MARTINZákladní údaje
Originální název
Metodologie stanovení variability alel MHC genů u ryb čeledi Cyprinidae
Název anglicky
The methodology of variability determination in MHC genes in fish of family Cyprinidae
Autoři
Vydání
Genetická konference GSGM 2011; 14.-16.9. 2011, Lednice; konferenční sborník, 2011
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/11:00050361
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISBN
978-80-210-5569-8
Klíčová slova česky
MHC geny; variabilita; CE-SSCP; 454 pyrosekvenování; ryby; Cyprinidae
Klíčová slova anglicky
MHC genes; variability; CE-SSCP; 454 pyrosequencing; fish; Cyprinidae
Změněno: 9. 1. 2012 17:25, RNDr. Kristína Křížová, Ph.D.
V originále
K analýze variability exprimovaných genů DAB1 a DAB3 u kaprovitých ryb jsme použili 2 metody. První metoda zahrnuje SSCP analýzu, klonování PCR amplikonů, a automatické sekvenování. Jako druhou jsme optimalizovali přípravu vzorků pro „klonální“ sekvenování druhé generace (NGS – next generation sequencing) s využitím technologie 454 pyrosekvenování. V příspěvku srovnáváme klady a zápory námi používaných metod testování.
Anglicky
To analyze the variability of expressed DAB1 and DAB3 genes in cyprinid fish we used two methods. The first one includes SSCP analysis, cloning of PCR amplicons and automatic sequencing. As the second one we optimized the preparation of the samples for clonal next generation sequencing (NGS) with usage of technology of 454 pyrosequencing. In the present work we compare pros and cones of the described methods used for testing.
Návaznosti
| GAP505/10/1138, projekt VaV |
| ||
| GA524/07/0188, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622416, záměr |
|