CHOVANCOVÁ, Eva, Antonín PAVELKA, Petr BENEŠ, Ondřej STRNAD, Jan BREZOVSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Artur Wiktor GORA, Vilém ŠUSTR, Martin KLVAŇA, Petr MEDEK, Lada BIEDERMANNOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER 3.0. 2011.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CAVER 3.0
Název česky CAVER 3.0
Autoři CHOVANCOVÁ, Eva (203 Česká republika, domácí), Antonín PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Petr BENEŠ (203 Česká republika), Ondřej STRNAD (203 Česká republika), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Artur Wiktor GORA (616 Polsko, domácí), Vilém ŠUSTR (203 Česká republika, domácí), Martin KLVAŇA (203 Česká republika), Petr MEDEK (203 Česká republika), Lada BIEDERMANNOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika).
Vydání 2011.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Software
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14310/11:00050643
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky software; Tunnels; channels
Technické parametry licence GNU - General public licence verison 3
Štítky AKR, rivok
Změnil Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 10. 4. 2012 08:30.
Anotace
Tunnels and channels facilitate the transport of small molecules, ions and water solvent in a large variety of proteins. Characteristics of individual transport pathways, including their geometry, physico-chemical properties and dynamics are instrumental for understanding of structure-function relationships of these proteins, for the design of new inhibitors and construction of improved biocatalysts. CAVER is a software tool widely used for the identification and characterization of transport pathways in static macromolecular structures. Herein we present a new version of CAVER enabling automatic analysis of tunnels and channels in large ensembles of protein conformations from molecular dynamics simulations. CAVER 3.0 implements new algorithms for calculation and clustering of pathways. Trajectories from molecular dynamic simulations serve as the inputs, while detailed characteristics and summary statistics of the time evolution of individual pathways are provided in the outputs. To illustrate the capabilities of CAVER 3.0, the tool was applied to the analysis of molecular dynamics simulation of the microbial enzyme haloalkane dehalogenase DhaA. CAVER 3 safely identified and reliably estimated the importance of all previously published DhaA pathways, including the pathways closed in DhaA crystal structures. Moreover, five examples of DhaA variants carrying substitutions in the bottleneck residues identified by CAVER 3.0 with substantially modified catalytic activity, binding affinity and kinetic stability are provided. Obtained results clearly demonstrate that analysis of molecular dynamics simulation is essential for estimation of pathway characteristics and elucidation of the structural basis of the tunnel gating. CAVER 3.0 paves the way for the study of important biochemical phenomena in the area of molecular transport, molecular recognition and enzymatic catalysis. The software is freely available command-line application at http://www.caver.cz.
Návaznosti
GAP202/10/1435, projekt VaVNázev: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 09:35