Molecular dynamics of ribosomal L1 stalk

KREPL, Miroslav; Kamila RÉBLOVÁ a Jiří ŠPONER. Molecular dynamics of ribosomal L1 stalk. In Dynamics of Protein-Nucleic Acid Interactions: Integrating Simulations with Experiments. 2011.

Základní údaje

Originální název

Molecular dynamics of ribosomal L1 stalk

Název česky

Molekulová dynamika ribosomálního L1 stalku

Autoři

KREPL, Miroslav; Kamila RÉBLOVÁ ORCID a Jiří ŠPONER

Vydání

Dynamics of Protein-Nucleic Acid Interactions: Integrating Simulations with Experiments, 2011

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

L1 stalk

---

Anotace

V originále

The ribosomal L1 stalk is assumed to play important role in releasing deacylated tRNA from ribosome. During elongation cycle, L1 stalk moves between three distinct positions in relation to large subunit, crossing a distance of up to 60 Å. We performed molecular dynamics simulations of L1 stalk taken from structure of Thermus thermophilus ribosome. The simulations revealed significant structural changes in L1 stalk/tRNA boundary, which might be important in facilitation of tRNA release. We also observed coupling between L1 RNA and L1 protein movement in relation to tRNA, which suggests critical role of protein-nucleic acid interactions for L1 stalk function.