MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of
Biomacromolecular Channels

J 2012

MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels

BERKA, Karel; Ondřej HANÁK; David SEHNAL; Pavel BANÁŠ; Veronika NAVRÁTILOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels

Autoři

BERKA, Karel; Ondřej HANÁK; David SEHNAL; Pavel BANÁŠ; Veronika NAVRÁTILOVÁ; Deepti JAISWAL; Crina-Maria IONESCU; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, UK, Oxford Press, 2012, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 8.278

Kód RIV

RIV/00216224:14740/12:00057571

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

https://doi.org/10.1093/nar/gks363

UT WoS

000306670900036

Klíčová slova anglicky

CYTOCHROMES P450; PROTEIN STRUCTURES; NUCLEIC-ACIDS; SUBSTRATE PREFERENCES; POTASSIUM CHANNEL; PHOTOSYSTEM-II; ACTIVE-SITES; IDENTIFICATION; TUNNELS; MACROMOLECULES

Štítky

best2, ok, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 6. 4. 2013 21:14, Olga Křížová

Anotace

V originále

Biomolecular channels play important roles in many biological systems, e.g. enzymes, ribosomes and ion channels. This article introduces a web-based interactive MOLEonline 2.0 application for the analysis of access/egress paths to interior molecular voids. MOLEonline 2.0 enables platform-independent, easy-to-use and interactive analyses of (bio)macromolecular channels, tunnels and pores. Results are presented in a clear manner, making their interpretation easy. For each channel, MOLEonline displays a 3D graphical representation of the channel, its profile accompanied by a list of lining residues and also its basic physicochemical properties. The users can tune advanced parameters when performing a channel search to direct the search according to their needs. The MOLEonline 2.0 application is freely available via the Internet at http://ncbr.muni.cz/mole or http://mole.upol.cz.

Návaznosti

ED1.1.00/02.0068, projekt VaV

Název: CEITEC - central european institute of technology

GD301/09/H004, projekt VaV

Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny

ME08008, projekt VaV

Název: Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik, Program výzkumu a vývoje KONTAKT (ME)

MUNI/A/0914/2009, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

286154, interní kód MU

Název: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)

Investor: Evropská unie, SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future, Kapacity

Citovat

BERKA, Karel; Ondřej HANÁK; David SEHNAL; Pavel BANÁŠ; Veronika NAVRÁTILOVÁ; Deepti JAISWAL; Crina-Maria IONESCU; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA. MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford Press, 2012, roč. 40, W1, s. "W222"–"W227", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gks363.

@article{991130,
   author = {Berka, Karel and Hanák, Ondřej and Sehnal, David and Banáš, Pavel and Navrátilová, Veronika and Jaiswal, Deepti and Ionescu, CrinaandMaria and Svobodová Vařeková, Radka and Koča, Jaroslav and Otyepka, Michal},
   article_location = {Oxford, UK},
   article_number = {W1},
   doi = {https://doi.org/10.1093/nar/gks363},
   keywords = {CYTOCHROMES P450; PROTEIN STRUCTURES; NUCLEIC-ACIDS; SUBSTRATE PREFERENCES; POTASSIUM CHANNEL; PHOTOSYSTEM-II; ACTIVE-SITES; IDENTIFICATION; TUNNELS; MACROMOLECULES},
   language = {eng},
   issn = {0305-1048},
   journal = {Nucleic Acids Research},
   title = {MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels},
   url = {http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W222.full},
   volume = {40},
   year = {2012}
}

TY  - JOUR
ID  - 991130
AU  - Berka, Karel - Hanák, Ondřej - Sehnal, David - Banáš, Pavel - Navrátilová, Veronika - Jaiswal, Deepti - Ionescu, Crina-Maria - Svobodová Vařeková, Radka - Koča, Jaroslav - Otyepka, Michal
PY  - 2012
TI  - MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels
JF  - Nucleic Acids Research
VL  - 40
IS  - W1
SP  - "W222"–"W227"
EP  - "W222"–"W227"
PB  - Oxford Press
SN  - 03051048
KW  - CYTOCHROMES P450
KW  - PROTEIN STRUCTURES
KW  - NUCLEIC-ACIDS
KW  - SUBSTRATE PREFERENCES
KW  - POTASSIUM CHANNEL
KW  - PHOTOSYSTEM-II
KW  - ACTIVE-SITES
KW  - IDENTIFICATION
KW  - TUNNELS
KW  - MACROMOLECULES
UR  - http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W222.full
L2  - http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W222.full
N2  - Biomolecular channels play important roles in many biological systems, e.g. enzymes, ribosomes and ion channels. This article introduces a web-based interactive MOLEonline 2.0 application for the analysis of access/egress paths to interior molecular voids. MOLEonline 2.0 enables platform-independent, easy-to-use and interactive analyses of (bio)macromolecular channels, tunnels and pores. Results are presented in a clear manner, making their interpretation easy. For each channel, MOLEonline displays a 3D graphical representation of the channel, its profile accompanied by a list of lining residues and also its basic physicochemical properties. The users can tune advanced parameters when performing a channel search to direct the search according to their needs. The MOLEonline 2.0 application is freely available via the Internet at http://ncbr.muni.cz/mole or http://mole.upol.cz.
ER  -

BERKA, Karel; Ondřej HANÁK; David SEHNAL; Pavel BANÁŠ; Veronika NAVRÁTILOVÁ; Deepti JAISWAL; Crina-Maria IONESCU; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA. MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels. \textit{Nucleic Acids Research}. Oxford, UK: Oxford Press, 2012, roč.~40, W1, s.~''W222''–''W227'', 6 s. ISSN~0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gks363.

Přehled o publikaci