Výpis publikací

MARQUES, Sérgio Manuel; Simeon BORKO; Ondřej VÁVRA; Jan DVORSKÝ; Petr KOHOUT; Petr KABOUREK; Lukáš HEJTMÁNEK; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 2.0: analysis of tunnels and ligand transport in dynamic ensembles of proteins. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2025, roč. 53, May 2025, s. "W132"-"W142", 11 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf399.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Katarína GREŠOVÁ; Jaroslav OĽHA; Vlastislav DOHNAL; Adrián ROŠINEC a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024.

HEJTMÁNEK, Lukáš; Adrián ROŠINEC a Sebastian LUNA-VALERO. Easy Deployment of Dask and Jupyter Notebooks on Managed Kubernetes. In EGI Conference 2023. 2023.

SPIŠAKOVÁ, Viktória; Lukáš HEJTMÁNEK a Jakub HYNŠT. Nextflow in Bioinformatics: Executors Performance Comparison Using Genomics Data. FUTURE GENERATION COMPUTER SYSTEMS-THE INTERNATIONAL JOURNAL OF ESCIENCE. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2023, roč. 142, May 2023, s. 328-339. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.future.2023.01.009.

SPIŠAKOVÁ, Viktória; Dalibor KLUSÁČEK a Lukáš HEJTMÁNEK. Using Kubernetes in Academic Environment : Problems and Approaches. In Dalibor Klusáček, Julita Corbalán, Gonzalo P. Rodrigo. Job Scheduling Strategies for Parallel Processing. 1. vyd. Cham (Switzerland): Springer, 2023, s. 235-253. ISBN 978-3-031-22697-7. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-031-22698-4_12.

SPIŠAKOVÁ, Viktória; Adrián ROŠINEC; Lukáš HEJTMÁNEK a Matej ANTOL. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure? In EGI Conference 2022. 2022.

PARDY, Filip; Jakub HYNŠT; Dana FIALOVÁ; Kristýna BRZOBOHATÁ; Lukáš HEJTMÁNEK a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Reconstructing of the genome of Gregor Johann Mendel using state-of-the-art molecular and bioinformatics tools. In Mendel Genetics Conference 2022. 2022.

VIŠŇOVSKÝ, Vladimír; Viktória SPIŠAKOVÁ; Jana HOZZOVÁ; Jaroslav OĽHA; Dalibor TRAPL; Vojtěch SPIWOK; Lukáš HEJTMÁNEK a Aleš KŘENEK. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment. In Armenia S., Geril P. Proc. ESM 2021. Brusel: EUROSIS, 2021, s. 42-45. ISBN 978-94-92859-18-1.

LHOTÁK, Marin; Martin DUDA; Andrea FOJTŮ; Jan HEJZL; Jan HUTAŘ; Filip KERSCH; Jana KŘÍŽOVÁ; Marek MELICHAR; Martina NEZBEDOVÁ; Miroslav PAVELKA; Eliška PAVLÁSKOVÁ; Jan POKORSKÝ; Michal PŠENIČKA; Ivana ŠLAPÁKOVÁ; Zdeněk TICHÝ; Miroslav BARTOŠEK; Jan BILWACHS; Lukáš HEJTMÁNEK; Zdeněk HRUŠKA; Václav JIROUŠEK; Pavlína KOČIŠOVÁ; Vlastimil KREJČÍŘ; Iveta LODROVÁ; Natalie OSTRÁKOVÁ; Michal RŮŽIČKA; Zdeněk VAŠEK a Petr ŽABIČKA. ARCLib. 2020.

RŮŽIČKA, Michal; Andrea MIRANDA; Lukáš HEJTMÁNEK; Zdeněk VAŠEK; Vlastimil KREJČÍŘ a Miroslav BARTOŠEK. Metodika bitové ochrany digitálních dat. 2019.

KLUSÁČEK, Dalibor; Boris PARÁK; Václav CHLUMSKÝ a Lukáš HEJTMÁNEK. Real-life Experience with Private Cloud hosting Heterogeneous Scientific Workloads. Online. In 2018 IEEE/ACM INTERNATIONAL CONFERENCE ON UTILITY AND CLOUD COMPUTING COMPANION (UCC COMPANION). NEW YORK: IEEE, 2018, s. 115-120. ISBN 978-1-72810-359-4. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/UCC-Companion.2018.00044.

KLUSÁČEK, Dalibor; Boris PARÁK a Lukáš HEJTMÁNEK. Scheduling Challenges in a Shared Private Cloud Infrastructure. CGW Workshop'17 Proceedings. 2017, roč. 2017, č. 1, s. 23-24.

HEJTMÁNEK, Lukáš; David ANTOŠ a Luboš KOPECKÝ. Choice of Data Transfer Protocols in Remote Storage Applications. CESNET, z.s.p.o., 2013, 21 s. CESNET Technical Report 1/2013.

FEIT, Josef; Lukáš HEJTMÁNEK; Michal PROCHÁZKA; Slávek LICEHAMMER a Luděk MATYSKA. Hypertext Atlases of Pathology. 2012. ISSN 0945-6317.

KREMSER, Jiří; Božena KOVÁČOVÁ; Marta PAVLOVSKÁ; Lukáš HEJTMÁNEK a David ANTOŠ. Long Term Preservation of Digital Data—Background Research. 2012.

RUDA, Miroslav; Zdeněk ŠUSTR; Jiří SITERA; David ANTOŠ; Lukáš HEJTMÁNEK a Petr HOLUB. Virtual Clusters as a New Service of MetaCentrum, the Czech NGI. In Cracow Grid Workshop '09. Krakow: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2010, s. 64-71. ISBN 978-83-61433-01-9.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Josef FEIT. Distribuované zpracování obrazu pro virtuální mikroskop. Brno: Masarykova univerzita, 2009. Mefanet 2009. ISBN 978-80-7392-118-7.

ŠUSTR, Zdeněk; Jiří SITERA; Miloš MULAČ; Miroslav RUDA; David ANTOŠ; Lukáš HEJTMÁNEK; Petr HOLUB; Zdeněk SALVET a Luděk MATYSKA. MetaCentrum, the Czech Virtualized NGI. 2009.

ANTOŠ, David; Lukáš HEJTMÁNEK; Jiří CHUDOBA; Daniel KOUŘIL; Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Správa dat v gridových systémech. In Proceedings of the Annual Database Conference DATAKON 2009. 1. vyd. Praha: Oeconomica, Praha, 2009, s. 251-265. ISBN 978-80-245-1568-7.

LIŠKA, Miloš; Jiří MATELA a Lukáš HEJTMÁNEK. UltraGrid2K. 2009.

RUDA, Miroslav; Zdeněk ŠUSTR; Jiří SITERA; David ANTOŠ; Lukáš HEJTMÁNEK; Petr HOLUB a Miloš MULAČ. Virtual Clusters as a New Service of MetaCentrum, the Czech NGI; CESNET technical report 17/2009. 2009.

HEJTMÁNEK, Lukáš. Secure and Fault Tolerant Distributed Framework with Mobility Support. In Grid Middleware and Services - Challenges and Solutions. New York, NY, USA: Springer Science + Business Media, 2008, s. 289-304. ISBN 978-0-387-78445-8.

FEIT, Josef; Luděk MATYSKA; Vladimír ULMAN; Lukáš HEJTMÁNEK; Hana JEDLIČKOVÁ; Marta JEŽOVÁ; Mojmír MOULIS a Věra FEITOVÁ. Virtual microscope interface to high resolution histological images. In Diagnostic Pathology. (3)Suppl 1). http://www.diagnosticpathology.org: 2006 Kayser; licensee BioMed Central Ltd., 2008, s. NA, 1 s.

HEJTMÁNEK, Lukáš; Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Bezpečný distribuovaný úložný prostor. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2007, s. 60-65. ISBN 978-80-244-1687-8.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Distributed Data Storage with Strong Offline Access Support. In The Second International Multi-Conference on Computing in the Global Information Technology Challanges for the Next Generation of IT & C. Gosier, Guadeloupe, French Caribbean: IEEE Computer Society Press, 2007, s. 1-6. ISBN 0-7695-2798-1.

HEJTMÁNEK, Lukáš. Distributed Storage Framework with Offline Support. Brno: Faculty of Informatics, Masaryk University, 2007, 110 s. Ph.D Thesis.

FEIT, Josef; Lukáš HEJTMÁNEK; Luděk MATYSKA; Vladimír ULMAN; Marta JEŽOVÁ; Mojmír MOULIS; Věra FEITOVÁ; Sylva HOTÁRKOVÁ; Ondřej SOUČEK; Katarína MÚČKOVÁ a Pavel VLAŠÍN. Hypertextové atlasy patologie 2007. In MEFANET 2007. Brno: MSD, 2007. ISBN 978-80-739-2007-4.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Nonblocking Distributed Replication of Versioned Files. JOURNAL OF SOFTWARE (JSW). 2007, roč. 2, č. 5, s. 16-23. ISSN 1796-217X.

HEJTMÁNEK, Lukáš; Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. In Cracow'06 Grid Workshop. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, s. 450-458. ISBN 83-915141-7-X.

HEJTMÁNEK, Lukáš; Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. CESNET z.s.p.o., 2007, 16 s. 2/2007.

HEJTMÁNEK, Lukáš. Distributed Data Storage with Data Versioning. In CESNET Conference 2006 Proceedings. Česká republika, Praha: CESNET, z.s.p.o, 2006, s. 93-104, 13 s. ISBN 80-239-6533-6.

HOLUB, Petr; Luděk MATYSKA; Miloš LIŠKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Jiří DENEMARK; Tomáš REBOK; Andrei HUTANU; Ravi PARUCHURI; Jan RADIL a Eva HLADKÁ. High-definition multimedia for multiparty low-latency interactive communication. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2006, roč. 22, č. 8, s. 856-861. ISSN 0167-739X.

HOLUB, Petr; Luděk MATYSKA; Miloš LIŠKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Jiří DENEMARK a Tomáš REBOK. Low-Latency HD Videoconferencing System with Reflector-Based Multipoint Data Distribution. 2006.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Distribuované Datové Sklady. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2005, s. 168-175. ISBN 80-244-1035-4.

HEJTMÁNEK, Lukáš; Petr HOLUB a Luděk MATYSKA. Distribuované datové sklady a protokol IBP. Praha: DCD Publishing s.r.o., 2005, 7 s. Professional Computing, 2005/9, 15-21. ISSN 1214-5335.

HEJTMÁNEK, Lukáš; Petr HOLUB a Luděk MATYSKA. DiDaS/LoCI Infrastructure for Distributed Video Processing. In Internet2 Fall Member Meeting 2004, Austin, Texas, USA. 2004.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Distribuované Datové Sklady. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, 15, 2, 1-5. ISSN 1212-0901.

HEJTMÁNEK, Lukáš. Distributed Data Storage Based on Web Access and IBP Infrastructure. In Data Processing and Storage Networking: Towards Grid Computing, Technical Proceedings. The Third IFIP-TC6 Networking Conference, 2004, 8 s.

HOLUB, Petr a Lukáš HEJTMÁNEK. Distributed Encoding Environment Based on Grids and IBP Infrastructure. In Selected Papers from TERENA Networking Conference 2004. TERENA, 2004, 10 s. ISBN 90-77559-04-3.

BRIM, Luboš; Ivana ČERNÁ a Lukáš HEJTMÁNEK. Distributed Negative Cycle Detection Algorithms. In Parallel Computing: Software Technology, Algorithms, Architectures & Applications. Nizozemsko: Elsevier B.V., 2004, s. 297-305. ISBN 0-444-51689-1.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Petr HOLUB. Uniform Job Scheduling Model for Distributed Processing Environment with Distributed Storage. CESNET z.s.p.o., 2004, 13 s. Technical report 9/2004.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Petr HOLUB. IBP Deployment Tests and Integration with DiDaS Project. CESNET z.s.p.o., 2003, 22 s. Technical report 20/2003.

BRIM, Lubos; Ivana ČERNÁ a Lukáš HEJTMÁNEK. Parallel Algorithms for Detection of Negative Cycles. In Proceedings of the 10th ParCo Conference. Holandsko: Elsevier B.V., 2003, s. 98-111.

BRIM, Lubos; Ivana ČERNÁ a Lukáš HEJTMÁNEK. Parallel Algorithms for Detection of Negative Cycles. Brno: Faculty of Informatics, 2003, 14 s. Technical Reports, FIMU-RS-2003-04.