Výpis publikací

JAKUBÍČKOVÁ, Markéta; Katerina SABATOVA; Michaela ZBUDILOVA; Matěj BEZDÍČEK; Martina LENGEROVÁ a Helena VITKOVA. MethylomeMiner: A novel tool for high-resolution analysis of bacterial methylation patterns from nanopore sequencing. Computational and Structural Biotechnology Journal. AMSTERDAM: Elsevier, 2025, roč. 27, č. 2025, s. 4753-4759. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.10.047.

BEZDÍČEK, Matěj; Markéta NYKRÝNOVÁ; Tomáš KABUT; Barbora WEINBERGEROVÁ; Zuzana REINEROVÁ; Jiří MAYER a Martina LENGEROVÁ. PILOTNÍ STUDIE SLEDOVÁNÍ ZMĚN SLOŽENÍ STŘEVNÍHO MIKROBIOMU U PACIENTŮ S HEMATOLOGICKOU MALIGNITOU POMOCÍ NANOPÓROVÉHO SEKVENOVÁNÍ. In III. ČESKÝ HEMATOLOGICKÝ A TRANSFUZIOLOGICKÝ SJEZD in Transfuze a Hematologie Dnes. 2024.

NYKRÝNOVÁ, Markéta; Matěj BEZDÍČEK; Kristýna DUFKOVÁ; Martina LENGEROVÁ a Helena SKUTKOVÁ. Hybrid mapping for plasmid content determination in NGS data. In ECCMID 2023: 33rd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, Dánsko. 2023.

BEZDÍČEK, Matěj; Jana HANSLIKOVÁ; Markéta NYKRÝNOVÁ; Kristýna DUFKOVÁ; Iva KOCMANOVÁ a Martina LENGEROVÁ. New Enterococcus faecium multilocus sequence typing scheme based on whole-genome sequencing data. In ECCMID 2023: 33rd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, Dánsko. 2023.

DUFKOVÁ, Kristýna; Matěj BEZDÍČEK; Markéta NYKRÝNOVÁ; Iva KOCMANOVÁ; Petra KUBÁČKOVÁ; Jana HANSLIKOVA; Karolina FEJKOVA; Jiří MAYER a Martina LENGEROVÁ. Rapid Identification of Pseudomonas aeruginosa International High-Risk Clones Based on High-Resolution Melting Analysis. Microbiology Spectrum. WASHINGTON: AMER SOC MICROBIOLOGY, 2023, roč. 11, č. 1, s. 1-9. ISSN 2165-0497. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/spectrum.03571-22.

DUFKOVÁ, Kristýna; Matěj BEZDÍČEK; Jana HANSLIKOVÁ; Markéta NYKRÝNOVÁ; Petra KUBÁČKOVÁ; Iva KOCMANOVÁ a Martina LENGEROVÁ. The indication of possible K1/K2 serotypes of Klebsiella pneumoniae using mini-MLST. In ECCMID 2023: 33rd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, Dánsko. 2023.

BEZDÍČEK, Matěj; Kristýna DUFKOVÁ; Markéta NYKRÝNOVÁ; Jana HANSLIKOVÁ a Martina LENGEROVÁ. Metody sekvenování druhé a třetí generace a jejich praktické využití pro typizaci bakterií. Klinicka Mikrobiologie a Infekcni Lekarstvi. Trios s.r.o., 2022, roč. 28, č. 4, s. 106-115. ISSN 1211-264X.

BEZDÍČEK, Matěj; Markéta NYKRÝNOVÁ; Kristýna DUFKOVÁ; Iva KOCMANOVÁ a Martina LENGEROVÁ. Molecular epidemiology using local population specific references – is it worth the effort? In 32th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) 2022, Portugalsko, Lisabon. 2022.

BEZDÍČEK, Matěj; Markéta NYKRÝNOVÁ; Kristýna DUFKOVÁ; Jana HANSLIKOVÁ a Martina LENGEROVÁ. Nové MLST schéma pro Enterococcus faecium vycházející z dat získaných celogenomovým sekvenováním. In 29. kongres československé společnosti mikrobiologické, Brno. 2022.

DUFKOVÁ, Kristýna; Matěj BEZDÍČEK; Markéta NYKRÝNOVÁ; Petra KUBÁČKOVÁ; Iva KOCMANOVÁ; Ivana VÍTKOVÁ; Lenka ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ a Martina LENGEROVÁ. Pseudomonas aeruginosa molecular typing: introduction of novel HRM-based approach. In 32th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) 2022, Portugalsko, Lisabon. 2022.

NYKRÝNOVÁ, Markéta; Roman JAKUBÍČEK; Matěj BEZDÍČEK; Kristýna DUFKOVÁ; Martina LENGEROVÁ a Helena SKUTKOVÁ. Real-time MLST genes detection in nanopore squiggles. In 32th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) 2022, Portugalsko, Lisabon. 2022.

DUFKOVÁ, Kristýna; Matěj BEZDÍČEK; Markéta NYKRÝNOVÁ; Iva KOCMANOVÁ; Ivana VÍTKOVÁ; Lenka ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ; Jiří MAYER a Martina LENGEROVÁ. Rychlá molekulární typizace Pseudomonas aeruginosa pro účely nemocniční epidemiologie. In VIII. Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie, Praha. 2022.

NYKRÝNOVÁ, Markéta; Matěj BEZDÍČEK; Martina STRNADOVÁ; Kristýna DUFKOVÁ; M LENGEROVÁ a H. SKUTKOVÁ. Bacterial typing via raw nanopore signals. In 31st European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 2021.

DUFKOVÁ, Kristýna; Matěj BEZDÍČEK; Martina STRNADOVÁ; Markéta NYKRÝNOVÁ a Martina LENGEROVÁ. Sequencing-independent approach for characterisation of Staphylococcus aureus population structure. In 31st ECCMID. 2021.

BEZDÍČEK, Matěj; Kristýna DUFKOVÁ; Markéta NYKRÝNOVÁ; Iva KOCMANOVÁ; Ivana VÍTKOVÁ; Tomáš KABUT; Jiří MAYER a Martina LENGEROVÁ. Současné možnosti molekulární typizace bakterií způsobujících infekce spojené se zdravotnickou péčí a jejich využití v klinické praxi. In XXVII. Moravsko-slovenské mikrobiologické dny. 2021.

BEZDÍČEK, Matěj; Markéta NYKRÝNOVÁ; Kristýna DUFKOVÁ; Kristina PLEVOVÁ; Iva KOCMANOVÁ a Martina LENGEROVÁ. Epidemiology typing and molecular analysis of vancomycin-resistant Enterococcus foeclum in haemato-oncological patients. In 30th ECCMID 2020. 2020.

BEZDÍČEK, Matěj; Kristina PLEVOVÁ; Markéta NYKRÝNOVÁ; Iva KOCMANOVÁ a Martina LENGEROVÁ. Postavení celogenomového sekvenování v epidemiologii infekcí spojených s nemocniční péčí – zkušenosti z FN Brno. In Kongres Klinické Mikrobiologie, Infekčních Nemocí a Epidemiologie (KMINE), Olomouc. 2019.

BEZDÍČEK, Matěj; Markéta NYKRÝNOVÁ; Iva KOCMANOVÁ a Martina LENGEROVÁ. WGS analysis of colonising and infecting EBSL Klebsiella pneumoniae paired samples to set the SNV cut-off value for determining bacterial clonality. In 29th ECCMID, Amsterdam, Nizozemí. 2019.

BEZDÍČEK, Matěj; Dagmar PANTŮČKOVÁ; Kristina PLEVOVÁ; Iva KOCMANOVÁ; Markéta HANSLIANOVÁ; Zdeněk RÁČIL; Markéta NYKRÝNOVÁ a Martina LENGEROVÁ. Využití NGS a mini-MLST pro sledování nemocniční epidemiologie a řešení outbreaků infekcí spojených s nemocniční péčí. In 28. Pečenkovy epidemiologické dny, České Budějovice. 2018.