Publication Records

KHAN, Rayyan Tariq, Petra POKORNÁ, Jan DVORSKÝ, Simeon BORKO, Ihor AREFIEV, Joan PLANAS IGLESIAS, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO and David BEDNÁŘ. A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology. JOURNAL OF CHEMINFORMATICS. ENGLAND: BMC, 2024, vol. 16, No 1, p. 1-10. ISSN 1758-2946. Available from: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-024-00876-3.

JUGAS, Robin, Petra POKORNÁ, Soňa ADAMCOVÁ, Kateřina KOŽELKOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ, Hana PÁLOVÁ, Jaroslav ŠTĚRBA and Ondřej SLABÝ. Dataset of DNA methylation profiles of 189 pediatric central nervous system, soft tissue, and bone tumors. Data in Brief. Amsterdam: Elsevier, 2024, vol. 55, August 2024, p. 1-8. ISSN 2352-3409. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2024.110590.

KOŠKOVÁ, Olga, Jaroslav ŠTĚRBA, Renata FABEROVÁ, Petra POKORNÁ, Martin ŠTĚRBA, Petr MARCIÁN, Zdeňka RÁČILOVÁ, Michaela RICHTROVÁ, Linda MORAVCOVÁ and Libor STREIT. Multioborový přístup k léčbě vaskulárních anomálií. In 44. celostátní konference SEKCE ULTRAZVUKOVÉ DIAGNOSTIKY České gynekologické a porodnické společnosti ČLS JEP. 2024.

KOŠKOVÁ, Olga, Jaroslav ŠTĚRBA, Renata FABEROVÁ, Petra POKORNÁ, Martin ŠTĚRBA, Petr MARCIÁN, Zdeňka RÁČILOVÁ, Michaela RICHTROVÁ, Linda MORAVCOVÁ and Libor STREIT. Multioborový přístup k léčbě vaskulárních anomálií. In XLII. Kongres plastické chirurgie, Špindlerův Mlýn. 2024.

KÝR, Michal, Peter MÚDRY, Kristýna POLÁŠKOVÁ, Lenka ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ, Regina DEMLOVÁ, Jana KUBÁTOVÁ, Eva HLAVÁČKOVÁ, Kateřina ČERNÁ PILÁTOVÁ, Pavel MAZANEK, Klára VEJMĚLKOVÁ, Vítězslav DUŠEK, Pavel TINKA, Martin BALÁŽ, Tomáš MERTA, Zuzana KUTTNEROVÁ, Terézia TUREKOVÁ, Zdeněk PAVELKA, Petra POKORNÁ, Hana PÁLOVÁ, Marie MLNAŘÍKOVÁ, Marta JEŽOVÁ, Renata KELLNEROVÁ, Sarka KOZAKOVA, Ondřej SLABÝ, Dalibor VALÍK and Jaroslav ŠTĚRBA. Personalized dendritic cell vaccine in multimodal individualized combination therapy improves survival in high-risk pediatric cancer patients. International journal of cancer. HOBOKEN: WILEY, 2024, 12 pp. ISSN 0020-7136. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/ijc.35062.

PÁLOVÁ, Hana, Anirban DAS, Petra POKORNÁ, Viera BAJČIOVÁ, Zdenek PAVELKA, Marta JEŽOVÁ, Karol PÁL, Jose R DIMAYACYAC, Logine NEGM, Lucie STENGS, Vanessa BIANCHI, Klára VEJMĚLKOVÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Marie JAROŠOVÁ, Soňa MEJSTŘÍKOVÁ, Peter MÚDRY, Michal KÝR, Tomáš MERTA, Pavel TINKA, Klára DRÁBOVÁ, Štefánia AULICKÁ, Robin JUGAS, Uri TABORI, Ondřej SLABÝ and Jaroslav ŠTĚRBA. Precision immuno-oncology approach for four malignant tumors in siblings with constitutional mismatch repair deficiency syndrome. NPJ PRECISION ONCOLOGY. Belin: NATURE PORTFOLIO, 2024, vol. 8, No 1, p. 1-9. ISSN 2397-768X. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41698-024-00597-8.

ŠTOURAČ, Jan, Simeon BORKO, Rayyan Tariq KHAN, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, Joan PLANAS IGLESIAS, Stanislav MAZURENKO, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ and David BEDNÁŘ. PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, vol. 25, No 1, p. 1-10. ISSN 1467-5463. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbad441.

KOŠKOVÁ, Olga, Petr MARCIÁN, Jaroslav ŠTĚRBA, Renata FABEROVÁ, Anna SEEHOFNEROVÁ, Zdeňka RÁČILOVÁ, Petra POKORNÁ, Michaela RICHTROVÁ and Martin ŠTĚRBA. Use of 3D printing in pre-surgical planning in severe cases of pediatric patients with vascular anomalies. In ISSVA World Congress 2024: The Latest in Vascular Anomalies. Madrid, Spain. 2024.

SLABÝ, Ondřej, Petra POKORNÁ, Hana PÁLOVÁ, Michal KÝR, Peter MÚDRY and Jaroslav ŠTĚRBA. Comprehensive genomic profiling and individual therapeutic planning in high-risk/refractory pediatric solid tumors: A single-center real-world study. In 2023 ASCO Annual Meeting I. 2023. ISSN 0732-183X. Available from: https://dx.doi.org/10.1200/JCO.2023.41.16_suppl.10035.

KOŠKOVÁ, Olga, Jaroslav ŠTĚRBA, Renata FABEROVÁ, Petra POKORNÁ, Martin ŠTĚRBA, P MARCIÁN, Dominika MATYSKOVÁ, Anna SEEHOFNEROVÁ and Michaela RICHTROVÁ. Moderní přístupy v léčbě cévních anomálií u dětí. In XL. KONGRES PLASTICKÉ CHIRURGIE, Praha,. 2023.

SLABÁ, Kateřina, Petra POKORNÁ, Petra KONEČNÁ, Petr JABANDŽIEV, Ondřej SLABÝ and Dagmar PROCHÁZKOVÁ. Případ chlapce s glykogenózou IXa. In 18.Festival kazuistik, Pediatrická konference, 21.-23.4.2023, Luhačovice. 2023. ISBN 978-80-88379-23-2.

WIEDERMANNOVA, Hana, Peter MÚDRY, Jan PAVLICEK, Hana TOMASKOVA, Andrea HLADIKOVA, Hana PÁLOVÁ, Petra POKORNÁ, Ondřej SLABÝ and Jaroslav ŠTĚRBA. Risk factors for tumors or leukemia development in the first two years of life. Biomedical Papers, Olomouc: Palacky University. Olomouc: Palacky University, 2023, vol. 167, No 2, p. 246-253. ISSN 1213-8118. Available from: https://dx.doi.org/10.5507/bp.2022.004.

SLABÁ, Kateřina, Ondřej SLABÝ, Petra POKORNÁ, Petra KONEČNÁ, Valentýna FUNIOKOVÁ, Michal KÝR, Petr JABANDŽIEV and Dagmar PROCHÁZKOVÁ. Sotosův syndrom. In XVII.Pediatrický kongres s mezinárodní účastí, Brno, 14.-16.9.2023 in Čes-Slov Pediat 2023;78,(Suppl2): s.49,. 2023. ISSN 0069-2328.

ŠTĚRBA, Martin, Petra POKORNÁ, Renata FABEROVÁ, Blanka PINKOVÁ, Jarmila SKOTÁKOVÁ, Anna SEEHOFNEROVÁ, Jan BLATNÝ, Lucia JANIGOVÁ, Olga KOŠKOVÁ, Hana PÁLOVÁ, Michal MAHDAL, Lukáš PAZOUREK, Petr JABANDŽIEV, Ondřej SLABÝ, Peter MÚDRY and Jaroslav ŠTĚRBA. Targeted treatment of severe vascular malformations harboring PIK3CA and TEK mutations with alpelisib is highly effective with limited toxicity. Scientific reports. BERLIN: NATURE PORTFOLIO, 2023, vol. 13, No 1, p. 1-9. ISSN 2045-2322. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-37468-4.

VEJMĚLKOVÁ, Klára, Petra POKORNÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Anna FAUSTMANNOVA, Klára DRÁBOVÁ, Zdeněk PAVELKA, Viera BAJČIOVÁ, Martin BROŽ, Pavel TINKA, Marta JEŽOVÁ, Hana PÁLOVÁ, Leoš KŘEN, Dalibor VALÍK, Ondřej SLABÝ and Jaroslav ŠTĚRBA. Tazemetostat in the therapy of pediatric INI1-negative malignant rhabdoid tumors. Scientific Reports. BERLIN: NATURE PORTFOLIO, 2023, vol. 13, No 1, p. 1-5. ISSN 2045-2322. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-48774-2.

AL TUKMACHI, Dagmar, Michaela RUČKOVÁ, Marek VEČEŘA, Táňa MACHÁČKOVÁ, Petra POKORNÁ, Markéta HERMANOVÁ, Michal HENDRYCH, Leoš KŘEN, Ivana ROŠKOVÁ, Václav VYBÍHAL, Hana VALEKOVÁ, Radim JANČÁLEK, Jiří ŠÁNA, Martin SMRČKA and Ondřej SLABÝ. Tumor tissue and cerebrospinal fluid microRNA profiles enable the classification of brain metastasis accordingly to their origin. In AACR Annual Meeting 2023; April 14-19, 2023; Orlando, FL. 2023. Available from: https://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.AM2023-3758.

SLABÁ, Kateřina, Marta JEŽOVÁ, Petra POKORNÁ, Hana PÁLOVÁ, Jana TUČKOVÁ, Jan PAPEŽ, Dagmar PROCHÁZKOVÁ, Petr JABANDŽIEV and Ondřej SLABÝ. Two sisters with cardiac-urogenital syndrome secondary to pathogenic splicing variant in the MYRF gene with unaffected parents: A case of gonadal mosaicism? MOLECULAR GENETICS & GENOMIC MEDICINE. Hoboken: Wiley, 2023, vol. 11, No 5, p. 1-7. ISSN 2324-9269. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/mgg3.2139.

MACHÁČKOVÁ, Táňa, Petra VYCHYTILOVÁ, Marie BOUDNÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Marketa PAVLIKOVA, Jan KOTOUCEK, Jana HALÁMKOVÁ, Dagmar AL TUKMACHI, Jiří ŠÁNA, Petra POKORNÁ, Milana ŠACHLOVÁ and Ondřej SLABÝ. Utility of RNA sequencing for transcriptome analysis of small extracellular vesicles derived from blood sera of colorectal cancer patients. In 114th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research (AACR). 2023. Available from: https://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.AM2023-6709.

DRÁBOVÁ, Klára, Petra POKORNÁ, Hana PÁLOVÁ, Sabina ADAMCOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Robin JUGAS, Ondřej SLABÝ and Jaroslav ŠTĚRBA. Výsledky celoexomového sekvenování germinální DNA u dětských pacientů se solidními tumory (Results of whole-exome sequencing of germline DNA in pediatric patients with solid tumors). In Kaprasův den 2023, Praha. 2023.

SLABÁ, Kateřina, Dagmar PROCHÁZKOVÁ, Petra POKORNÁ, Petra KONEČNÁ, Petr JABANDŽIEV and Ondřej SLABÝ. Využitelnost celoexomového sekvenování v diagnostice a léčbě vzácných a dříve nediagnostikovaných onemocnění: naše první zkušenosti. 2023. ISBN 978-80-7471-449-8.

POKORNÁ, Petra, Giannoula KLEMENT, Alžběta VAŠÍKOVÁ, Veronika KANDEROVÁ, Marta JEŽOVÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Peter MÚDRY, Michal KÝR, Tomáš MERTA, Viera BAJČIOVÁ, Zdenka KŘENOVÁ, Hana PÁLOVÁ, Lenka ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ, Ondřej SLABÝ, Dalibor VALÍK and Jaroslav ŠTĚRBA. Minimal Residual Disease–Guided Intermittent Dosing in Patients With Cancer: Successful Treatment of Chemoresistant Anaplastic Large Cell Lymphoma Using Intermittent Lorlatinib Dosing. JCO PRECISION ONCOLOGY. PHILADELPHIA: LIPPINCOTT WILLIAMS & WILKINS, 2022, vol. 6, June 2022, p. 1-7. ISSN 2473-4284. Available from: https://dx.doi.org/10.1200/PO.21.00525.

ŠTOURAČ, Jan, Rayyan Tariq KHAN, Simeon BORKO, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ and David BEDNÁŘ. PredictSNP Onco 1.0. 2022.

SLABÁ, Kateřina, Petra POKORNÁ, Petra KONEČNÁ, Petr JABANDŽIEV, Ondřej SLABÝ and Dagmar PROCHÁZKOVÁ. Případ chlapce s glykogenózou IXa způsobenou mutací v genu PHKA2. In XVI.Pediatrický kongres s mezinárodní účastí, Ostrava, in Česko- Slovenská Pediatrie, 2022, 77,supl.2, s.44. 2022.

SLABÁ, Kateřina, Hana PÁLOVÁ, Petra POKORNÁ, Ondřej SLABÝ, Petra KONEČNÁ, Lucie KOLBOVÁ, Petr JABANDŽIEV and Dagmar PROCHÁZKOVÁ. Syndrom intelektuálního postižení související s DYRK1A (DYRK1A-related intellectual disability syndrome). Česko-slovenská pediatrie. Praha: Nakladatelske Stredisko CLSJE Purkyne, 2022, vol. 77, No 4, p. 215-218. ISSN 0069-2328.

LIU, I., L. JIANG, E. R. SAMUELSSON, S. MARCO SALAS, A. BECK, O. A. HACK, D. JEONG, M. L. SHAW, B. ENGLINGER, J. LABELLE, H. M. MIRE, S. MADLENER, L. MAYR, M. A. QUEZADA, M. TRISSAL, E. PANDITHARATNA, K. J. ERNST, J. VOGELZANG, T. A. GATESMAN, M. E. HALBERT, Hana PÁLOVÁ, Petra POKORNÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, R. GEYEREGGER, A. DIAZ, I. J. FINDLAY, M. D. DUN, A. RESNICK, M. L SUVÀ., D. T. W. JONES, S. AGNIHOTRI, J. SVEDLUND, C. KOSCHMANN, C. HABERLER, T. CZECH, I. SLAVC, J. A. COTTER, K. L. LIGON, S. ALEXANDRESCU, W. K. A. YUNG, I. ARRILLAGA-ROMANY, J. GOJO, M. MONJE, M. NILSSON and M. G. FILBIN. The landscape of tumor cell states and spatial organization in H3-K27M mutant diffuse midline glioma across age and location. Nature Genetics. BERLIN: NATURE PORTFOLIO, 2022, vol. 54, December 2022, p. 1881-1894. ISSN 1061-4036. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41588-022-01236-3.

DRÁBOVÁ, Klára, Petra POKORNÁ, Hana PÁLOVÁ, Soňa ADAMCOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Robin JUGAS, Ondřej SLABÝ and Jaroslav ŠTĚRBA. Výsledky celoexomového sekvenování germinální DNA u dětských pacientů se solidními tumory. In XXV. Biologické dny. 2022.

SLABÁ, Kateřina, Hana PÁLOVÁ, Petra VESELÁ, Štefánia AULICKÁ, Petra KONEČNÁ, Martin ŠTĚRBA, Petr JABANDŽIEV, Ondřej SLABÝ and Dagmar PROCHÁZKOVÁ. Neurovývojová porucha s mentální retardací spojená s genem PPP2R5D - první případ v České republice (PPP2R5D-related intellectual disability and neurodevelopmental delay - the first case in the Czech Republic). Československá neurologie a neurochirurgie. Prague: CZECH MEDICAL SOC, 2021, vol. 84, No 2, p. 205-207. ISSN 1210-7859. Available from: https://dx.doi.org/10.48095/cccsnn2021205.

PAPEŽ, Jan, Jiří ŠTARHA, Kateřina SLABÁ, Jaroslav A. HUBACEK, Jakub PECL, Štefánia AULICKÁ, Milan URÍK, Serdar CEYLANER, Petra POKORNÁ, Ondřej SLABÝ and Petr JABANDŽIEV. Novel mutations in TRPM6 gene associated with primary hypomagnesemia with secondary hypocalcemia. Case report. Biomedical Papers, Olomouc: Palacky University. Olomouc: Palacky University, 2021, vol. 165, No 4, p. 454-457. ISSN 1213-8118. Available from: https://dx.doi.org/10.5507/bp.2021.027.

TINKA, Pavel, Zdeněk PAVELKA, Michal KÝR, Petra POKORNÁ and Jaroslav ŠTĚRBA. Refrakterní/Relabující ependymomy - využití multiomického přístupu k sestavení personalizované léčby, 5leté zkušenosti kliniky. In XXX. Konferencia detských hematologóv a onkológov. 2021.

VEJMĚLKOVÁ, Klára, Zdeněk PAVELKA, Anna FAUSTMANNOVÁ, Marta JEŽOVÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Petra POKORNÁ, Klára DRÁBOVÁ, Martin BROŽ, Hana PÁLOVÁ, Leoš KŘEN, Ondřej SLABÝ and Jaroslav ŠTĚRBA. Tazemetostat jako součást terapie AT/RT – naše první zkušenosti. In XXX. Konference dětských hematologů a onkologů České republiky a Slovenské republiky. 2021.

ANDRAŠINA, Tomáš, Jaroslav JURÁČEK, Jan ZAVADIL, Barbora ČECHOVÁ, Tomáš ROHAN, Petra VESELÁ, Mor PALDOR, Ondřej SLABÝ and Nahum GOLDBERG. Thermal Ablation and Transarterial Chemoembolization are Characterized by Changing Dynamics of Circulating MicroRNAs. Journal of vascular and interventional radiology. New York: Lippincott Williams & Wilkins, 2021, vol. 32, No 3, p. 403-411. ISSN 1051-0443. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.jvir.2020.10.024.

SLABÁ, Kateřina, Hana NOSKOVÁ, Petra VESELÁ, Ondřej SLABÝ, Štefánia AULICKÁ, Petra KONEČNÁ, Petr JABANDŽIEV and Dagmar PROCHÁZKOVÁ. Neurovyvojová porucha s mentální retardací spojená s genem PPP2R5D: první případ v České republice. (Neurodevelopmental disorder with mental retardation associated with the PPP2R5D gene: the first case in the Czech Republic.). In XV.pediatricky kongres s mezinárodní účastí. Hradec Králové. 24-26.září 2020, in Česko-Slov. Pediatrie,2020, 75,supp.1, s.43. 2020. ISSN 0069-2328.

SLABÁ, Kateřina, Hana NOSKOVÁ, Petra VESELÁ, Jana TUČKOVÁ, Hana JIČÍNSKÁ, Tomáš HONZÍK, Hana HANSÍKOVÁ, Petra KLEIBLOVÁ, Petr ŠTOURAČ, Petr JABANDŽIEV, Ondřej SLABÝ and Dagmar PROCHÁZKOVÁ. Novel Splicing Variant in the PMM2 Gene in a Patient With PMM2-CDG Syndrome Presenting With Pericardial Effusion: A Case Report. Frontiers in Genetics. Lausanne: Frontiers, 2020, vol. 11, October 2020, p. 1-7. ISSN 1664-8021. Available from: https://dx.doi.org/10.3389/fgene.2020.561054.

JURÁČEK, Jaroslav, M. STANIK, Petra VESELÁ, Lenka RADOVÁ, J. DOLEZEL, M. SVOBODA and Ondřej SLABÝ. Tumor expression of miR-34a-3p is an independent predictor of recurrence in non-muscle-invasive bladder cancer and promising additional factor to improve predictive value of EORTC nomogram. UROLOGIC ONCOLOGY-SEMINARS AND ORIGINAL INVESTIGATIONS. New York: ELSEVIER SCIENCE INC., 2019, vol. 37, No 3, p. 1-7. ISSN 1078-1439. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2018.10.014.