Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome
      PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.
      AlphaFind web application Pre-print
      Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: Protein structure similarity;Learned metric index;Learned indexing;Protein structure search;AlphaFold DB
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: RNDr. Terézia Slanináková, učo 445526. Změněno: 19. 2. 2024 10:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2375820/cs
    2. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
      PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, Neuveden, May 15, s. 1-5. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.
      URL
      angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Klíčová slova anglicky: AlphaFind;Protein similarity search;Structure-based retrieval;Protein tertiary structure;AlphaFold DB;Machine learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Vlastislav Dohnal, Ph.D., učo 2952. Změněno: 18. 5. 2024 21:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2402219/cs

    2023

    1. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Susana LADRA a Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, roč. 118, č. 1, s. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00131386 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Slanináková, Terézia (703 Slovensko, domácí) -- Antol, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Dohnal, Vlastislav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ladra, Susana (724 Španělsko) -- Martínez-Prieto, Miguel A. (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Reproducible paper;Index structures;Learned index;Unstructured data;Content-based search;Metric space
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 23:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2301611/cs
    2. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.
      RIV/00216224:14330/23:00132045 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Slanináková, Terézia (703 Slovensko, domácí) -- Procházka, David (203 Česká republika, domácí) -- Antol, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Dohnal, Vlastislav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: sisap indexing challenge; learned metric index; similarity search; machine learning for indexing; performance benchmarking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 23:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2330525/cs

    2022

    1. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques
      OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. arXiv, 2022. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48550/ARXIV.2208.08910.
      URL
      Název anglicky: Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques
      angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: Protein database;Embedding non-vector data;Learned metric index;Similarity search;Machine learning for indexing
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. et Mgr. Jaroslav Oľha, učo 348646. Změněno: 10. 1. 2023 07:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2212035/cs
    2. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques
      OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications, 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5–7, 2022, Proceedings. 1. vyd. Cham: Springer Cham, 2022, s. 274-282. ISBN 978-3-031-17848-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_22.
      URL
      Název anglicky: Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques
      RIV/00216224:14330/22:00126460 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Slanináková, Terézia (703 Slovensko, domácí) -- Gendiar, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Antol, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Dohnal, Vlastislav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Protein database;Embedding non-vector data;Learned metric index;Similarity search;Machine learning for indexing
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 16. 8. 2023 13:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2212037/cs

    2021

    1. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, s. 81-94. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_7.
      Název anglicky: Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach
      RIV/00216224:14330/21:00119191 Stať ve sborníku. angličtina. Nizozemské království.
      Slanináková, Terézia (703 Slovensko, domácí) -- Antol, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Dohnal, Vlastislav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Index structures; Learned index; Unstructured data; Content-based search; Metric space; Machine learning
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2022 08:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790340/cs
    2. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data
      ANTOL, Matej, Jaroslav OĽHA, Terézia SLANINÁKOVÁ a Vlastislav DOHNAL. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data. Information Systems. Elsevier, 2021, roč. 100, č. 101774, s. 1-12. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2021.101774.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00118915 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Antol, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Slanináková, Terézia (703 Slovensko, domácí) -- Dohnal, Vlastislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Index structures;Learned index;Unstructured data;Content-based search;Metric space
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2022 09:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1757938/cs
Zobrazeno: 27. 7. 2024 04:54