PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, Neuveden, May 15, s. 1-5. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
Autoři PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL.
Vydání Nucleic acids research, Oxford, Oxford University Press, 2024, 0305-1048.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Velká Británie a Severní Irsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 14.900 v roce 2022
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397
Klíčová slova anglicky AlphaFind;Protein similarity search;Structure-based retrieval;Protein tertiary structure;AlphaFold DB;Machine learning
Štítky AlphaFind, CODA Research Group, DISA, learned index, LMI, protein similarity search
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: doc. RNDr. Vlastislav Dohnal, Ph.D., učo 2952. Změněno: 18. 5. 2024 21:22.
Anotace
AlphaFind is a web-based search engine that provides fast structure-based retrieval in the entire set of AlphaFold DB structures. Unlike other protein processing tools, AlphaFind is focused entirely on tertiary structure, automatically extracting the main 3D features of each protein chain and using a machine learning model to find the most similar structures. This indexing approach and the 3D feature extraction method used by AlphaFind have both demonstrated remarkable scalability to large datasets as well as to large protein structures. The web application itself has been designed with a focus on clarity and ease of use. The searcher accepts any valid UniProt ID, Protein Data Bank ID or gene symbol as input, and returns a set of similar protein chains from AlphaFold DB, including various similarity metrics between the query and each of the retrieved results. In addition to the main search functionality, the application provides 3D visualizations of protein structure superpositions in order to allow researchers to instantly analyze the structural similarity of the retrieved results. The AlphaFind web application is available online for free and without any registration at https://alphafind.fi.muni.cz.
Návaznosti
GF23-07040K, projekt VaVNázev: Naučené indexy pro podobností hledání
Investor: Grantová agentura ČR, Naučené indexy pro podobností hledání, Lead agentura
LM2023055, projekt VaVNázev: Česká národní infrastruktura pro biologická data
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
90254, velká výzkumná infrastrukturaNázev: e-INFRA CZ II
VytisknoutZobrazeno: 21. 6. 2024 07:24