Diplomová práce

Whole slide image viewer for pathological data

Bc. Jiří Horák
Anotace

Oblast digitální patologie umožňuje efektivnější práci se vzorky tkáně. Digitální formát vzniká v procesu zvaném whole-slide imaging (WSI). Digitalizace umožňuje lepší ukládání vzorků tkáně, jejich metadat a práce s nimi. Podstatnou částí klinické praxe patologů je namáhavá a nezáživná inspekce vzorků, kde by zejména mohla digitalizace pomoci. S počítači je možné vzorky zpracovávat díky rychle se rozvíjejícím …více

Abstract

Digital pathology is an effective method of storing, inspecting, and analyzing tissue samples, obtained in a process called whole-slide imaging (WSI). Pathologists' work includes a laborious inspection of such slides where quickly evolving artificial intelligence (AI) can be particularly useful. WSI Viewers are software for tissue viewing, where annotation and analysis capabilities are often available …více

Zadání práce
The aim of the thesis is to design and implement a tool that will allow viewing the so-called whole slide image (WSI) data, commonly used in digital pathology. The result will be a web application serving as a platform for flexible visualization of a combination of input image data and their annotations created as an output of machine learning methods that were applied to the data. With its visualization and interaction options, the application should facilitate the routine work of pathologists (i.e., the possibility of manual annotation and quality control and editing of automatic annotation using machine learning, saving and sharing results), but also the work of developers of appropriate machine learning methods and the cooperation of these developers with pathologists. In addition, the tool should operate flexibly with data: enable simple integration into running systems and ensure effective remote communication. The solution also should include the implementation of primitive systems for recording data and their management (information system) demonstrating the use and integration of the resulting tool.
Práce zkontrolována:
18. 5. 2023 07:42, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
20. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KSUZD FI MU

Oponent

doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824
KVI FI MU

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Počítačová grafika a vizualizace
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.