Bakalářská práce

Deep Learning Methods for Epithelium Segmentation of Breast and Colorectal Tissue

Adam Džadoň, učo 524839
Anotace

Automatizované metódy segmentácie epitelu znižujú množstvo potrebnej práce od profesionálnych patológov a zlepšujú proces diagnostiky rakoviny. Táto práca vytvára a prezentuje niekoľko modelov hlbokého učenia pre segmentáciu epitelu prsného a kolorektálneho tkaniva založených na architektúre U-Net. Vyhodnotenie modelov naznačuje, že modely trénované na kolorektálnych dátach vykazujú sľubné výsledky …více

Abstract

Automated methods of epithelium segmentation reduce the manual effort of professional pathologists and enhance the cancer diagnosis process. This thesis creates and presents several deep learning models for the epithelium segmentation of breast and colorectal tissue based on U-Net architecture. The evaluation of the models reveals that the models trained on colorectal data exhibit promising results …více

Zadání práce
Semantic segmentation of epithelial tissues in digitalised histopathological images streamlines cancer diagnosis and prognosis by enhancing accuracy and efficiency, reducing the manual effort of professional pathologists and speeding up the analysis process. Brázdil et al. [1] presented a re-staining-based method for automatic epithelium annotation to train an AI model. The thesis aims to design, train, and evaluate several U-net-based neural networks that segment epithelial tissue of histopathological colorectal and breast tissue images provided by Masaryk Memorial Cancer Institute. The student will familiarise themself and present the basics of digital pathology, semantic segmentation and the methods of [1]. They preprocess the data, train, and evaluate several variants of segmentation models in the cloud infrastructure of the RationAI group. The student will optionally contribute the code to HistoPipe, the RationAI open-source library for digital histopathology. [1] Brázdil et al. Automated annotations of epithelial cells and stroma in hematoxylin–eosin-stained whole-slide images using cytokeratin re-staining. The Journal of Pathology: Clinical Research. 2022.
Práce zkontrolována:
24. 5. 2024 09:13, RNDr. Vít Musil, Ph.D., učo 246021
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
24. 6. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Vít Musil, Ph.D., učo 246021
KTP FI MU

Oponent

doc. Mgr. Jan Obdržálek, PhD., učo 1552
KTP FI MU

Konzultant

doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA, učo 4074
KSUZD FI MU

Literatura

  • BRÁZDIL, Tomáš; Matej GALLO; Rudolf NENUTIL; Andrej KUBANDA; Martin TOUFAR a Petr HOLUB. Automated annotations of epithelial cells and stroma in hematoxylin–eosin-stained whole-slide images using cytokeratin re-staining. The Journal of Pathology: Clinical Research. 2022, roč. 8, č. 2, s. 129-142. ISSN 2056-4538. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cjp2.249.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.