Bakalářská práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Learning to predict the Ki67 proliferation index from histopathological images.

Adam Kukučka, učo 524905
Anotace

Súčasťou každodennej práce patológov je vyšetrovať stovky bioptických skenov. To je mnohokrát zdĺhavé, časovo náročné a náchylné na chyby. Technológie založené na pokroku v strojovom učení môžu patológom pomôcť znížiť ich pracovné zaťaženie. V tejto práci predstavujeme automatický výpočet proliferačného indexu Ki67, ktorý má výborné výsledky pri diagnostike rakoviny prsníka. Natrénovali sme konvolučnú …více

Abstract

Pathologists’ day-to-day work is to examine hundreds of biopsy scans. This can be lengthy, time-consuming, and prone to errors. Technologies based on advances in machine learning may assist pathologists and reduce their workload. In this thesis, we present an automatic calculation of the Ki67 proliferation index, which has great results in breast cancer diagnosis. We train an end-to-end convolution …více

Zadání práce
Antigen Ki67 is a nuclear protein that serves as a helpful immunohistochemistry marker in cancer diagnosis. In the current clinical practice, the Ki67 proliferation index is either estimated visually from the stained tissue under an optical microscope or tediously counted in the small region of digitalized tissue scans using specialized vision software. The thesis aims to design, train, and evaluate a convolutional neural network architecture capable of predicting the Ki67 proliferation index from histopathological breast tissue images based on clinical data provided by Masaryk Memorial Cancer Institute. The student will familiarise themself and present the basics of digital histopathology, emphasizing the Ki67 cellular marker. They collect and preprocess the input data, design, train, and evaluate the model in the cloud infrastructure of the RationAI group. The student will optionally contribute the code to HistoPipe, the RationAI open-source library for digital histopathology.
Práce zkontrolována:
24. 5. 2024 09:26, RNDr. Vít Musil, Ph.D., učo 246021
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
24. 6. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Vít Musil, Ph.D., učo 246021
KTP FI MU

Oponent

Anselm Paulus
Max Planck Institute for Intelligent Systems

Konzultant

doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA, učo 4074
KSUZD FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.