Závěrečná práce: Hanna Shyshkina: Simulace chování NMR v cloudu
Bakalářská práce
Simulace chování NMR v cloudu
Simulating NMR processes in the cloud
Anotace
Účelem této práce je navrhnout a implementovat úpravu stávající aplikace, která simuluje chování dat NMR, tak, aby hlavní výpočet simulace probíhal na výkonném serveru. K tomu je potřeba oddělit výpočetní jádro stávající aplikace, vytvořit komunikační protokol pro předání vstupů a výstupů a upravit aplikaci tak, aby fungovala jako klient využívající navrhnutý komunikační protokol. Dále je potřeba implementovat server poskytující rozhraní pro výpočet simulace.
Abstract
The purpose of this thesis is to design and implement a modification of the existing application that simulates the behavior of NMR data, so that the main calculation of the simulation is processed on a high-performance server. This requires to separate the computational core of the application, to create a communication protocol for sending input and output data and to modify the application to act …více
Zadání práce
Výpočetní simulace chování NMR (aplikace konkrétní sekvence pulsů na konkrétní spinový systém) je důležitým krokem mj. při vývoji a kalibraci lékařských diagnostických metod.
Výpočetní a zejména paměťová náročnost simulace je velmi velká (a exponenciálně roste s velikostí simulovaného systému), proto současná implementace simulátoru přestává být dostatečná.
Algoritmus výpočtu je přesně dán. Cílem práce je analyzovat stávající implementaci a navrhnout a implementovat následující složky distribuované aplikace:
- Komunikační protokol mezi klientem-grafickým rozhraním a serverovou výpočetní částí. Protokol musí zahrnout předání veškerých vstupní i výstupních dat a nejlépe i průběžné informace o stavu zpracování dlouho trvajícího výpočtu.
- Serverová část, které bude přebírat vstupní data od klienta a provádět vlastní výpočty. Předpokládá se implementace jako webová služba, která může využít existující výpočetní jádro v jazyce Python nebo být novou implementací popsané metody.
- Modifikace existujícího aplikačního GUI -- klienta (implementováno v jazyce Java) tak, že spuštění lokálního výpočtu bude nahrazeno zavoláním serverové části aplikace.
Cílovým prostředím pro serverovou část je Linux, počítá se s využitím cloudu, není tedy třeba omezovat se na konkrétní distribuci OS.
18. 5. 2014 19:09, Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
- Zadáno/změněno 20. 6. 2014 08:03, Alena Dvořáková
- Záznam založen 4. 10. 2013 12:52, Miroslava Tomíčková, učo 114718
- Zveřejnit od 16. 5. 2014 13:44, Alena Dvořáková
- Práce převzata 16. 5. 2014 13:44, Alena Dvořáková
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Grafické rozhraní pro UltraGrid
Mgr. Vít Hampl -
Vykreslování molekulárních dat ve vysoké kvalitě
Mgr. Dušan Lipták -
Rozšiřitelný nástroj pro práci s formálními jazyky
Mgr. Jan Rychtář, učo 172967 -
Webové služby a jejich podpora v Javě
Bc. Lukáš Jungmann -
Blokování tunelů v molekulách proteinů
Mgr. Jan Sonnek, učo 99096 -
Webový informační systém pro podporu středoškolské studentské odborné činnosti
Mgr. Peter Fendek, učo 172800 -
Nástroj pro vizualizaci a analýzu strukturovaných dat
Mgr. Richard Mudrík -
Monitorování subsystémů YSoft SafeQ
Mgr. Filip Rechtoris




