Bakalářská práce

Simulace chování NMR v cloudu

Simulating NMR processes in the cloud

Hanna Shyshkina
Anotace

Účelem této práce je navrhnout a implementovat úpravu stávající aplikace, která simuluje chování dat NMR, tak, aby hlavní výpočet simulace probíhal na výkonném serveru. K tomu je potřeba oddělit výpočetní jádro stávající aplikace, vytvořit komunikační protokol pro předání vstupů a výstupů a upravit aplikaci tak, aby fungovala jako klient využívající navrhnutý komunikační protokol. Dále je potřeba implementovat server poskytující rozhraní pro výpočet simulace.

Abstract

The purpose of this thesis is to design and implement a modification of the existing application that simulates the behavior of NMR data, so that the main calculation of the simulation is processed on a high-performance server. This requires to separate the computational core of the application, to create a communication protocol for sending input and output data and to modify the application to act …více

Zadání práce

Výpočetní simulace chování NMR (aplikace konkrétní sekvence pulsů na konkrétní spinový systém) je důležitým krokem mj. při vývoji a kalibraci lékařských diagnostických metod.

Výpočetní a zejména paměťová náročnost simulace je velmi velká (a exponenciálně roste s velikostí simulovaného systému), proto současná implementace simulátoru přestává být dostatečná.

Algoritmus výpočtu je přesně dán. Cílem práce je analyzovat stávající implementaci a navrhnout a implementovat následující složky distribuované aplikace:

  • Komunikační protokol mezi klientem-grafickým rozhraním a serverovou výpočetní částí. Protokol musí zahrnout předání veškerých vstupní i výstupních dat a nejlépe i průběžné informace o stavu zpracování dlouho trvajícího výpočtu.
  • Serverová část, které bude přebírat vstupní data od klienta a provádět vlastní výpočty. Předpokládá se implementace jako webová služba, která může využít existující výpočetní jádro v jazyce Python nebo být novou implementací popsané metody.
  • Modifikace existujícího aplikačního GUI -- klienta (implementováno v jazyce Java) tak, že spuštění lokálního výpočtu bude nahrazeno zavoláním serverové části aplikace.

Cílovým prostředím pro serverovou část je Linux, počítá se s využitím cloudu, není tedy třeba omezovat se na konkrétní distribuci OS.

Práce zkontrolována:
18. 5. 2014 19:09, Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
19. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
DITI ÚVT MU

Oponent

RNDr. Jan Fousek, Ph.D., učo 172693
NEU5 CN CEITEC MU

Konzultant

Ing. Zenon Starčuk, CSc., učo 368992

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.