Diplomová práce

Blokování tunelů v molekulách proteinů

Blocking of channels in protein molecules

Bc. Jan Sonnek, učo 99096
Anotace

Cílem mé diplomové práce bylo vytvoření algoritmu pro chemicky správné vyhodnocení nalezených tunelů v molekulách proteinů. K přesnému určení tunelů byla provedena podrobná analýza výsledků blokování molekul a na základě měrení bylo blokování přizpůsobováno a upravováno. Dále byla vytvořena testovací aplikace, která skupiny dosažených tunelů porovnávala s publikovanými a ověřenými tunely. Všechny dosažené výsledky práce byly konzultovány s odborníky na biochemii.

Abstract

The goal of my thesis was to develop an algorithm for chemically correct assessment Tunnel found in protein molecules. The accurate determination of tunnels was carried out detailed Analysis of blocking molecules and on the basis of measurements were blocking adaptation and alterations. In addition, the test application was created by the group tunnels compared with published and verified tunnels. All the formal results of the work were consulted with experts in biochemistry.

Klíčová slova
Java PyMol Python blokování tunelů proteiny
Zadání práce
Prozkoumejte metody pro určování shody tunelů vypočítaných v molekule proteinu a blokování částí molekuly tak, aby bylo možné vypočítat více než jeden tunel. V textové části metody porovnejte a určete biochemickou relevanci výsledků. Vybrané metody implementujte do vizualizační aplikace pro proteinové struktury Caver 2.0.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
6. 1. 2009 07:04, (IS automaticky)
Plný text práce
17,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
9. 2. 2009
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Petr Medek, Ph.D., učo 39593
abs FI MU

Oponent

RNDr. Petr Beneš, Ph.D., učo 60865
abs FI MU

Literatura

  • MEDEK, Petr; Petr BENEŠ a Jiří SOCHOR. Computation of tunnels in protein molecules using Delaunay triangulation. In Journal of WSCG. 1. vyd. Plzeň: University of West Bohemia, 2007, s. 107-114. ISBN 978-80-86943-00-8.
  • BENEŠ, Petr; Petr MEDEK a Jiří SOCHOR. Computation of more channels in protein molecules. In Proceedings of Visual Computing for Biomedicine. Aire-la-Ville, Switzerland: Eurographics Association, 2008, s. 45-51. ISBN 978-3-905674-13-2.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Jan Sonnek FI N-AP AP, učo 99096 isxt7/6
Sonnek, J.
2. 1. 2009
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Sonnek, J.
2. 1. 2009
Anotace česky annotation.txt
Sonnek, J.
2. 1. 2009
Diplomová práce dp.pdf
Sonnek, J.
2. 1. 2009
Klíčová slova keywords.txt
Sonnek, J.
2. 1. 2009
posudek_oponenta.pdf
Beneš, P.
29. 1. 2009

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.