Diplomová práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Anotace a validace molekul ligandů

Annotation and validation of ligand molecules

Bc. Vladimír Horský, učo 358970
Anotace

Ligandy jsou velká skupina molekul s různorodými funkcemi v živých organismech. Díky své důležitosti jsou středem zájmu různých výzkumných disciplín, např. chemoinformatiky, farmakologie, a dalších. Ligandy bývají přítomny v chemických databázích, kde jsou často uloženy se špatným názvem nebo v chemicky nevalidním stavu. Cílem této diplomové práce bylo navrhnout a implementovat algoritmus pro validaci …více

Abstract

Ligand molecules are a large group of molecules with diverse functions in living organisms. Because of their importance, they are often in the spotlight of various research fields, for example (and not limited to) cheminformatics or pharmacology. Ligands can be found in chemical databases, where they are often incorrectly annotated or stored in an invalid state. The objective of this thesis was to …více

Klíčová slova
ligand ligand motive ligand molecule Protein Data Bank PDB LigandExpo annotation molecular graph molecule comparison isomorphism parallelization C++ Qt
Zadání práce
Ligandy jsou z pohledu biochemie většinou malé molekuly, které se v živých organismech váží na biomakromolekuly. V komplexech s nimi plní různé nezbytné funkce (např. aktivují příslušné biomakromolekuly, zajišťují jejich adhezi, zprostředkovávají přenos signálů). Podstatnou podskupinou ligandů jsou i molekuly léků.
Molekuly ligandů lze nalézt v rámci databází experimentálně získaných struktur biomakromolekul (ligandy jsou vázány na tyto biomakromolekuly). Ligandy zde však často bývají nesprávně pojmenovány (anotovány), případně mívají poškozenou strukturu. Cílem této diplomové práce je návrh a vývoj algoritmů pro korektní anotaci ligandů a validaci jejich struktury. Konkrétní úkoly realizované v rámci práce jsou následující:
  • Nastudovat základní chemické pojmy, týkající se struktury ligandů (3D struktura molekuly, chiralita, vlastnosti obvyklých chemických vazeb)
  • Nastudovat způsob reprezentace molekul v počítači s důrazem na specifika ligandů
  • Navrhnout a implementovat algoritmy pro anotaci a kontrolu ligandů s využitím referenčních ligandů z databáze Ligand Expo
  • Otestovat vytvořený program na reálných ligandech
    • Administrativní informace
    Práce zkontrolována:
    2. 6. 2014 14:19, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
    Plný text práce
    736,7 KB / soubor PDF
    Jazyk práce
    angličtina angličtina
    Termín obhajoby
    23. 6. 2014
    Práce byla úspěšně obhájena

    Vedoucí

    prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
    VyCh CSB CEITEC MU

    Oponent

    Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
    abs PřF MU
    Citovat tuto práci
    Masarykova univerzita Fakulta informatiky
    Studijní program
    Aplikovaná informatika
    Obor

    Práce na příbuzné téma

    Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

    Podobné práce

    • Přidání souboru

      Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

    • Další operace se soubory

      Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

    • Pohled pro experty

      Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

    • Vyhledávání souborů

      Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

    • Rychlý přístup k souborům

      Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.