Diplomová práce

Algoritmy pro analýzu správnosti strukturních dat molekul cukrů

Algorithms for analysis of correctness of sugar structures

Bc. Andrea Čechová, učo 255487
Anotace

Struktury molekul cukrů se často vyskytují v databázích experimentálně zjištěných struktur biomolekul. Příkladem může být Protein Data Bank (PDB) obsahující cukry vázané na proteiny. Molekuly cukrů bývají v databázích často špatně zadány nebo anotovány. V rámci této práce jsem implementovala program Molecule Structure Comparator (MSC) pro ověření správnosti strukturních dat molekul cukrů. MSC umožňuje …více

Abstract

The sugar molecule structures are often found in the databases of experimentally solved biomolecular structures. An example of such a database is Protein Data Bank (PDB) containing the sugars bound to the proteins. The sugar molecules are often wrongly entered or anotated in the databases. In this thesis I implemented the program Molecule Structure Comparator (MSC) for checking sugar molecule sturctures …více

Zadání práce
Molekuly cukrů jsou významnými součástmi metabolismu lidské, živočišné i rostlinné buňky. Velmi často se s nimi setkáváme v rámci databází experimentálně získaných struktur biomolekul. Například je nacházíme vázané na molekulách proteinů v Protein data bank - nejznámější databázi experimentálních struktur bílkovin.
V rámci Protein data bank existuje několik stovek chemicky různých molekul cukrů a tyto molekuly jsou často chybně zadány nebo anotovány. Tato diplomová práce je zaměřena právě na analýzu správnosti strukturních informací týkajících se cukrů v této databázi. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Nastudovat základní chemické pojmy, související s 2D a 3D strukturou molekul cukrů
  • Nastudovat způsob reprezentace molekul v počítači
  • Navrhnout a implementovat algoritmy pro porovnávání struktur cukrů z Protein data bank se vzorovými strukturami těchto molekul. Vzorové struktury budou získány z databáze Ligand Expo. Cílem porovnání je zjistit, v jaké míře se experimentální strukturní data liší od vzorových struktur
  • Pomocí vytvořených algoritmů provést analýzu všech výskytů vybraných cukrů v Protein data bank a popsat kvalitu testovaných dat.
Práce zkontrolována:
28. 5. 2013 09:08, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
1,9 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
26. 6. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
VyCh CSB CEITEC MU

Oponent

RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262
abs FI MU, PřF MU

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.