Závěrečná práce: Bc. Andrea Čechová, učo 255487: Algoritmy pro analýzu správnosti strukturních dat molekul cukrů
Diplomová práce
Algoritmy pro analýzu správnosti strukturních dat molekul cukrů
Algorithms for analysis of correctness of sugar structures
Anotace
Struktury molekul cukrů se často vyskytují v databázích experimentálně zjištěných struktur biomolekul. Příkladem může být Protein Data Bank (PDB) obsahující cukry vázané na proteiny. Molekuly cukrů bývají v databázích často špatně zadány nebo anotovány. V rámci této práce jsem implementovala program Molecule Structure Comparator (MSC) pro ověření správnosti strukturních dat molekul cukrů. MSC umožňuje …více
Abstract
The sugar molecule structures are often found in the databases of experimentally solved biomolecular structures. An example of such a database is Protein Data Bank (PDB) containing the sugars bound to the proteins. The sugar molecules are often wrongly entered or anotated in the databases. In this thesis I implemented the program Molecule Structure Comparator (MSC) for checking sugar molecule sturctures …více
Zadání práce
V rámci Protein data bank existuje několik stovek chemicky různých molekul cukrů a tyto molekuly jsou často chybně zadány nebo anotovány. Tato diplomová práce je zaměřena právě na analýzu správnosti strukturních informací týkajících se cukrů v této databázi. Konkrétní cíle práce jsou:
- Nastudovat základní chemické pojmy, související s 2D a 3D strukturou molekul cukrů
- Nastudovat způsob reprezentace molekul v počítači
- Navrhnout a implementovat algoritmy pro porovnávání struktur cukrů z Protein data bank se vzorovými strukturami těchto molekul. Vzorové struktury budou získány z databáze Ligand Expo. Cílem porovnání je zjistit, v jaké míře se experimentální strukturní data liší od vzorových struktur
- Pomocí vytvořených algoritmů provést analýzu všech výskytů vybraných cukrů v Protein data bank a popsat kvalitu testovaných dat.
28. 5. 2013 09:08, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
- Zadáno/změněno 26. 6. 2013 17:13, Helena Kryštofová
- Záznam založen 15. 3. 2013 08:24, Helena Kryštofová
- Zveřejnit od 27. 5. 2013 09:48, Helena Kryštofová
- Práce převzata 27. 5. 2013 09:48, Helena Kryštofová
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Vyhledávání a predikce biochemicky významných motivů v molekulách proteinů
Mgr. Matúš Uhliar, učo 139735 -
Anotace a validace molekul ligandů
Mgr. Vladimír Horský, Ph.D., učo 358970 -
Výživa v kulturistice a fitness
Mgr. Jan Caha, Ph.D., učo 259591 -
Sacharidy ve stravě dětí předškolního věku
Mgr. Kamila Jiříčková -
Annotation of saccharide molecules
Mgr. Vladimír Horský, Ph.D., učo 358970 -
Cukry ve stravě dětí mladšího školního věku
Mgr. Veronika Steinmetzová -
Vliv výživy na kazivost zubů u dětí na 2.stupni ZŠ
Mgr. Zuzana Čučková, učo 173944 -
Význam kůry pro spolehlivou funkci xylému dřevin
Bc. Dora Říhová




