Diplomová práce

Vyhledávání a predikce biochemicky významných motivů v molekulách proteinů

Searching and prediction of biochemically important motives in proteins

Bc. Matúš Uhliar, učo 139735
Anotace

V súčasnej dobe je k dispozícii veľké množstvo informácií o molekulách proteínov, vďaka čomu môžeme študovať biologicky významné motívy v týchto molekulách - väzbové miesta kovu a sacharidov. K tomuto účelu potrebujeme vhodné softvérové nástroje. Preto som v rámci svojej diplomovej práce implementoval nasledujúce programy: Metal Analyzer na vyhľadávanie väzbových n-miest kovu, Binding Sites Analyzer …více

Abstract

Nowadays there is a huge amount of information available about protein molecules. Therefore biochemically important motives in proteins can be studied such as binding sites of multiple metal and sugar binding sites. We need suitable software tools for these tasks. During my thesis I designed and developed the following set of applications: Metal Analyzer for finding of binding sites of multiple metal …více

Klíčová slova
biochemicky významné motívy 3D štruktúra molekuly väzbové miesta kovu proteín Java sacharidy PDB Protein Data Bank
Zadání práce
Molekuly proteinů (bílkovin) jsou stavebními látkami buněk většiny organismů a účastní se také mnoha chemických reakcí, které v živých organismech probíhají. Tyto molekuly jsou velmi rozsáhlé, ale pouze jejich malá část je biochemicky aktivní a přímo zasahuje do chemických reakcí. Právě takovýmito biochemicky významnými motivy jsou například vazebná místa kovů v metaloproteinech případně vazebná místa cukrů v lektinech. Pro biologa nebo biochemika je velmi užitečné mít informaci o tom, jaké konkrétní motivy se vyskytují v proteinech se známou chemickou strukturou. Např. jakým způsobem je v molekulách vázán atom Ca, jakými aminokyselinami je obklopen, ve kterých proteinech se nachází... A právě vyhledávání a predikce biochemicky významných vazebných míst je náplní této diplomové práce. Konkrétní úkoly práce jsou:
  • Nastudovat relevantní pojmy z oblasti počítačového zpracování proteinů (zápis proteinu v databázi Protein DataBank, zápis struktury vazebných míst atd.).
  • Navrhnout a implementovat algoritmy pro vyhledávání vybraných vazebných míst (např. vazebných dvoumíst kovů, okolí cukrů atd.).
  • Navrhnout a implementovat algoritmy pro predikci výskytu biochemicky významných motivů (např. vybraných vazebných míst Ca).
  • Otestovat vytvořené softwarové nástroje na velkých množinách molekul, získaných z Protein DataBank.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
8. 6. 2010 10:47, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
2,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
1. 7. 2010
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Oponent

RNDr. Šimon Suchomel, Ph.D., učo 98949
abs FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Matúš Uhliar FI N-AP AP, učo 139735 ul8mx/9
Uhliar, M.
30. 5. 2010
Složky
LaTeX latex/10
Uhliar, M.
31. 5. 2010
Programy 13697124/6
Uhliar, M.
31. 5. 2010
Zdrojové kódy programov 13697108/6
Uhliar, M.
31. 5. 2010
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Uhliar, M.
30. 5. 2010
Anotace česky annotation.txt
Uhliar, M.
30. 5. 2010
Diplomová práca thesis.pdf
Uhliar, M.
31. 5. 2010
Klíčová slova keywords.txt
Uhliar, M.
30. 5. 2010
posudek_oponenta.pdf
Suchomel, Š.
22. 6. 2010

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.