Bakalářská práce

Automatické doplňování vodíků v proteinových strukturách

Automatic Hydrogen Computation in Protein Structures

Štěpán Sovík, učo 324615
Anotace

Tato práce se zabývá doplňováním vodíků do proteinových struktur. Představuje algoritmus HAAD a popisuje jeho implementaci a integraci do aplikace CAVER Viewer. V závěru práce lze najít výsledky měření přesnosti a rychlosti výpočtu.

Abstract

The thesis deals with hydrogen atoms addition to protein structures, presents HAAD algorithm and describes its implementation and integration into CAVER Viewer application. The end of the thesis provides results of accurate and speed measurement.

Klíčová slova
CAVER Viewer protein doplňování vodíků HAAD PDB Java automatizace RMSD silové pole CHARMM22
Zadání práce
Zadáním práce je volba, nastudování a implementace algoritmu pro automatické dopočítání a doplnění chybějících vodíků do proteinových struktur. Následně bude úkolem studenta integrovat hotový algoritmus do aplikace CAVER Viewer a za asistence a testování biochemické skupiny z Loschmidtových laboratoří, Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity jej dotáhnout do podoby použitelné v praxi. Součástí práce bude rovněž analýza dosažených výsledků a porovnání přesnosti implementovaného algoritmu s výsledky originální implementace i výstupem konkurenčních algoritmů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
18. 5. 2012 07:29, Mgr. Vilém Šustr, učo 140485
Plný text práce
1,1 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
19. 6. 2012
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Vilém Šustr, učo 140485
abs FI MU

Oponent

RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
abs FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Štěpán Sovík FI B-IN GRA, učo 324615 zlqbi/7
Drštková, E.
23. 4. 2012
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Sovík, Š.
13. 5. 2012
Anotace česky annotation.txt
Sovík, Š.
13. 5. 2012
Klíčová slova keywords.txt
Sovík, Š.
13. 5. 2012
Plný text práce bcthesis.pdf
Sovík, Š.
13. 5. 2012
Posudek oponenta Posudek_Sovik.pdf
Jurčík, A.
10. 6. 2012
Příloha priloha.zip
Sovík, Š.
13. 5. 2012

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.