Molekuly proteinů (bílkovin) jsou stavebními látkami buněk většiny organismů a účastní se také mnoha chemických reakcí, které v živých organismech probíhají. Tyto molekuly jsou velmi rozsáhlé, ale pouze jejich malá část je biochemicky aktivní a přímo zasahuje do chemických reakcí. Právě takovýmito biochemicky významnými motivy jsou například vazebná místa kovů v metaloproteinech případně vazebná místa cukrů v lektinech. Pro biologa nebo biochemika je velmi užitečné mít informaci o tom, jaké konkrétní motivy se vyskytují v proteinech se známou chemickou strukturou. Např. jakým způsobem je v molekulách vázán atom Zn, jakými aminokyselinami je obklopen, ve kterých proteinech se nachází... A právě vyhledávání a klasifikace biochemicky významných vazebných míst je náplní této diplomové práce. Konkrétní úkoly práce jsou:

Nastudovat relevantní pojmy z oblasti počítačového zpracování proteinů (zápis proteinu v databázi Protein DataBank, zápis struktury vazebných míst atd.).

Navrhnout a vytvořit program, který v rámci molekuly proteinu nalezne biochemicky významný motiv (např. vazebné místo kovu nebo molekulu cukru) a lokalizuje chemické okolí tohoto motivu. Informace o vyhledaném motivu a jeho chemickém okolí program uloží ve formátu PDB na relevantní místo v rámci definované adresářové struktury.

Navrhnout a implementovat program, který rozdělí zkoumané motivy do tříd a podtříd (na základě jejich chemické struktury) a vytvoří dokument, obsahující přehlednou informaci o těchto motivech.

Otestovat vytvořené softwarové nástroje na velkých množinách molekul, získaných z Protein DataBank.