Bakalářská práce

Analýza vazebných míst cukrů v proteinech

Analysis of sugar binding sites in proteins

Martin Nováček
Anotace

V dnešní době máme k dispozici výkonné metodiky strukturní analýzy, které nám poskytují velké množství informací o 3D strukturách proteinů. V práci se zabývám analýzou vazebných míst cukrů v proteinech. V rámci mé bakalářské práce jsem vypracoval software (funkce pro prostředí MATLAB) k výpočtu fingerprintů a matic podobnostních koeficientů. Vstupem je množina PDB souborů uložených v souboru ZIP. Analýzu …více

Abstract

Nowadays, we have powerful methodologies of structural analysis, which provide us a large quantity of information about 3D protein structures. In my thesis, I deal with analysis of sugar binding sites in proteins. Within the framework of my bachelor thesis, I programmed software (functions for MATLAB) for calculating fingerprints and matrices of similarity coefficients. As input, this software takes …více

Zadání práce
Díky vysoce výkonným metodikám strukturní analýzy máme v současné době k dispozici obrovské množství dat týkajících se 3D struktury proteinů a další takováto data jsou generována každým dnem. Proto máme nyní unikátní možnost studovat vybrané strukturní motivy v rámci těchto molekul. Významnými strukturními motivy proteinů jsou například vazebná místa cukrů. Molekuly cukrů hrají klíčovou roli v metabolismu všech typů organismů a analýza vazebných míst cukrů může přinést velmi zajímavé informace týkající se vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů. Realizovat takovouto analýzu je však náročným úkolem, protože je známo několik stovek molekul cukrů, které se váží na molekuly proteinů. Proto je nutno nalézt vhodné přístupy a metodiky pro provedení uvedené analýzy.
Na tématiku vazebných míst cukrů a jejich strukturní analýzy se zaměřuje tato bakalářská práce. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Seznámit se se softwarovými nástroji a algoritmy, využitelnými pro strukturní analýzu vazebných míst.
  • Vyhledat v rámci databáze Protein Data Bank všechna vazebná místa cukrů.
  • Využít různé metodiky pro analýzu těchto vazebných míst a nalézt vazebná místa, která se vyskytují často (více než např. 20 výskytů) a jsou rozšířena v různých typech organismů.
  • Provést detailní analýzu těchto vazebných míst (vytvořit jejich modely, popsat části shodné a odlišné v různých organismech, popsat funkci vazebného místa, apod.).
Práce zkontrolována:
2. 6. 2014 14:21, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
25. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
ÚMS Ústavy PřF MU

Oponent

doc. RNDr. Eva Hladká, Ph.D., učo 2053
KPSK FI MU

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Matematika
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.