Závěrečná práce: Martin Nováček: Analýza vazebných míst cukrů v proteinech
Bakalářská práce
Analýza vazebných míst cukrů v proteinech
Analysis of sugar binding sites in proteins
Anotace
V dnešní době máme k dispozici výkonné metodiky strukturní analýzy, které nám poskytují velké množství informací o 3D strukturách proteinů. V práci se zabývám analýzou vazebných míst cukrů v proteinech. V rámci mé bakalářské práce jsem vypracoval software (funkce pro prostředí MATLAB) k výpočtu fingerprintů a matic podobnostních koeficientů. Vstupem je množina PDB souborů uložených v souboru ZIP. Analýzu …více
Abstract
Nowadays, we have powerful methodologies of structural analysis, which provide us a large quantity of information about 3D protein structures. In my thesis, I deal with analysis of sugar binding sites in proteins. Within the framework of my bachelor thesis, I programmed software (functions for MATLAB) for calculating fingerprints and matrices of similarity coefficients. As input, this software takes …více
Zadání práce
Na tématiku vazebných míst cukrů a jejich strukturní analýzy se zaměřuje tato bakalářská práce. Konkrétní cíle práce jsou:
- Seznámit se se softwarovými nástroji a algoritmy, využitelnými pro strukturní analýzu vazebných míst.
- Vyhledat v rámci databáze Protein Data Bank všechna vazebná místa cukrů.
- Využít různé metodiky pro analýzu těchto vazebných míst a nalézt vazebná místa, která se vyskytují často (více než např. 20 výskytů) a jsou rozšířena v různých typech organismů.
- Provést detailní analýzu těchto vazebných míst (vytvořit jejich modely, popsat části shodné a odlišné v různých organismech, popsat funkci vazebného místa, apod.).
2. 6. 2014 14:21, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
- Zadáno/změněno 26. 6. 2014 07:24, Irena Mitášová
- Záznam založen 2. 1. 2014 07:19, Irena Mitášová
- Zveřejnit od 29. 5. 2014 09:33, Irena Mitášová
- Práce převzata 29. 5. 2014 09:33, Irena Mitášová
Přílohy
martinnovacek-bp2014.zip
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Algoritmická analýza struktury vazebných míst cukrů
Mgr. Lukáš Hanušovský -
Anotace elementů sekundární struktury proteinů
Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D. -
Searching and classification of biochemically important motives in proteins
Mgr. Petr Kovács, učo 99085 -
Analýza BH3 domén apoptotických proteinů pomocí metod strukturní bioinformatiky
Mgr. Vendula Nováková, učo 258820 -
Detekce kolizí mezi proteiny
RNDr. Filip Andres, učo 51672 -
Studium zaměnitelnosti kovových iontů ve vazebném místě lektinů
Ing. Petr Baroň -
Multiple structure alignment and exploring protein binding sites
RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435 -
Obraz ženy ve vybraných povídkách Ivana Bunina a Valerije Brjusova
Mgr. Kateřina Palánová




