Diplomová práce

Analýza BH3 domén apoptotických proteinů pomocí metod strukturní bioinformatiky

Analysis of BH3 domains from apoptotic proteins using structural bioinformatics approaches

Bc. Vendula Nováková, učo 258820
Anotace

V této diplomové práci se věnuji detailnímu mechanismu programované buněčné smrti reprezentované apoptózou. Rodina BCL-2 proteinů zaujímá v tomto procesu nejvýznamnější roli, zejména pak BH3-only proteiny se strukturně podobným regionem - BH3 doménou, která slouží jako vazebné místo pro komplexující molekuly. Cílem této práce je najít a analyzovat proteiny obsahující BH3 doménu. Nejprve jsem shromáždila …více

Abstract

In this thesis I focused on detailed mechanism of programmed cell death represented by apoptosis. A key role plays the BCL-2 family of proteins, concretely BH3-only proteins with a region of sequence similarity - the BH3 domain, which serves as a binding site for molecule to complex with. The aim of this thesis is to find and analyze proteins with the BH3 domain. At first, I collected Protein Data …více

Klíčová slova
Apoptóza BH3 doména MotiveQuery Protein Data Bank Rodina BCL-2 proteinů SiteBinder Superimpozice RMSD Apoptosis BCL-2 family proteins BH3 domain Superimposition
Zadání práce
Apoptóza neboli programová smrt buňky je velmi významným mechanismem v rámci životního cyklu buňky. Apoptóza je realizována množstvím proteinů, které tvoří komplexní biochemické regulační kaskády. Klíčovou roli mezi těmito proteiny hrají molekuly z BCL-2 rodiny a speciálně pak jejich BH3 doména, která je přímo zapojena do regulace běhu apoptózy. V současné době máme k dispozici velké množství informací o 3D struktuře proteinů a to včetně informací o proteinech hrajících roli v apoptóze. Proto máme možnost analyzovat BH3 domény pomocí pokročilých metod strukturní bioinformatiky a získat o nich a o jejich struktuře mnohé užitečné informace. Právě na uvedené téma se zaměřuje tato diplomová práce. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Nastudovat informace ohledně apoptózy, BCL-2 proteinů, BH3 domén apod.
  • Seznámit se s metodami strukturní bioinformatiky, jako je např. vyhledávání strukturních motivů a jejich přikládání a porovnávání
  • Vyhledat v rámci Protein Data Bank proteiny obsahující BH3 doménu
  • Analyzovat, jak je struktura BH3 domén ovlivněna vybranými faktory (např. typem organismu, typem proteinu, v němž se vyskytuje, apod.)
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
2. 6. 2014 14:22, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
19. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.