Diplomová práce

Algoritmická analýza struktury vazebných míst cukrů

Algoritmic structural analysis of sugar binding sites

Bc. Lukáš Hanušovský
Anotace

Díky vysoce efektivním metodám strukturální analýzy máme dostupný velký počet dat, která se týkají 3D struktury proteinů. V této práci studujeme strukturní motivy vazebných míst cukrů v proteinech a možnosti využití algoritmických přístupů pro toto studium. Práce obsahuje obecnou analýzu výskytu aminokyselin v okolí cukrů. Dále pokračuje aplikací kombinatorického algoritmu při hledání skupin podobných …více

Abstract

Thanks to the highly efficient methods of structural analysis, we have available a large amount of data pertaining to 3D structures of proteins. In this thesis we study the structural motifs of sugar binding sites and possibility of using the algorithmic approaches for this study. The work contains a general analysis of amino acids occurrence in the environment of sugar. Then it continues with the …více

Klíčová slova
protein proteinový strukturní motiv sacharid vazebné místo superimpozice SiteBinder Protein Data Bank protein structural motive carbohydrate binding site superimposition
Zadání práce
Díky vysoce výkonným metodikám strukturní analýzy máme v současné době k dispozici obrovské množství dat týkajících 3D struktury proteinů a stejná data jsou generována každým dnem. Proto máme nyní unikátní možnost studovat vybrané strukturní motivy v rámci těchto molekul. Významnými strukturními motivy proteinů jsou například vazebná místa cukrů. Molekuly cukrů hrají klíčovou roli v metabolismu všech typů organismů a analýza vazebných míst cukrů může přinést velmi zajímavé informace týkající se vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů. Realizovat takovouto analýzu je však náročným úkolem, protože je známo několik stovek molekul cukrů, které se váží na molekuly proteinů. Proto je nutno nalézt vhodné přístupy a metodiky pro provedení uvedené analýzy.
Na tématiku vazebných míst cukrů a jejich strukturní analýzy se zaměřuje tato diplomová práce. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Seznámit se se softwarovými nástroji a algoritmy, využitelnými pro strukturní analýzu vazebných míst.
  • Vyhledat v rámci databáze Protein Data Bank všchna vazebná místa cukrů.
  • Využít různé metodiky pro analýzu jejich struktury a získat odpovědi na následující otázky: Jaké aminokyseliny obsahují vazebná místa cukrů? Obsahují vazebná místa cukrů nějaké strukturní motivy (např. shodný výskyt určitých aminokyselin)? Pokud ano, jaké jsou nejčastější strukturní motivy?
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2013 10:09, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
5,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
13. 6. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Literatura

  • EIDHAMMER, Ingvar; Inge JONASSEN a W. R. TAYLOR. Protein bioinformatics : an algorithmic approach to sequence and structure analysis. Chichester: J. Wiley & Sons, 2004, xviii, 355. ISBN 0470848391.
  • SEHNAL, David; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Heinrich J. HUBER; Stanislav GEIDL; Crina-Maria IONESCU; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder: An improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Journal of Chemical Information and Modeling. 2012, roč. 52, č. 2, s. 343–359. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/ci200444d.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.